![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
mary_spiriПоймать мошенника Фреда за руку нам удалось в последний месяц моей работы в Био-Био. Первый звоночек прозвенел от Золотого Ключика. Тамошние инженеры ломали голову над странным явлением: если есть два образца одинаковой ДНК, из них работает только тот, что побывал в руках у Фреда. Даже если эту ДНК сделали мы, половину послали прямо в ЗК, а вторую послали Фреду на экспертизу, то работает только вторая половина. Инженеры удивились странностям науки биологии, и решили протестировать оба раствора на "голом" чипе. Ведь растворы эти должны были реагировать, т.е. гибридизироваться с рецептором- ДНКовыми мостиками на чипе. А что если взять чип без всяких ДНКовых мостиков? Оказалось, что такой "голый" чип дает прекрасный положительный сигнал с раствором ДНК от Фреда, и никакого сигнала с нашим образцом. Получается , что никакая ДНКовая гибридизация для сигнала и не нужна, а работает какая-то дополнительная химия, добавленная Фредом. В общем, именно с такого контроля и надо было начинать в самом начале истории с Фредом, но большое начальство не додумалось до простого эксперимента.
Собственно, я уже со второго месяца работы предполагала, что Фред мухлюет. Однако же разрешение на эксперименты по выяснению, что же Фред добавляет, нам дали только после получения данных от Золотого Ключика. Другим фактором оказалось изменение цвета: как известно большинству молекулярных биологов, раствор чистой ДНК в воде - бесцветный и прозрачный. А тут "работающий" раствор ДНК в воде, присланый Фредом, вдруг начал желтеть, причем прямо сразу, как мы его достали из посылки и разморозили. Желтенький цвет дает один из компонентов магического буфера, пропил галлат (ПГ), который может сам с собою связываться, образуя таннины цвета чая. Если их немного, то как раз и получается желтенький цвет. Начальство спросило изобретателя, в чем растворена его ДНК, и услышав вранье про чистую воду, тут же позволило эксперименты с ПГ. Оказалось, что если его налить в тестовый буфер раз в 20-100 больше, чем в контроле, то получается отличный красивый сигнал, в точности такой, какой дает ДНК Фреда. Мы было обрадовались, что все выяснилось. Однако наличие лишнего ПГ в образце всегда можно было списать на рассеянность и безалаберность Фреда, мол, с кем не бывает, ливанул лишнего концентрата в буфер, как всегда, очень спешил вам на помощь, молодцы, что нашли и все исправили! А еще ведь есть студенты-лаборанты, на которых можно что угодно свалить, и все поверят. Все знают, какие студенты бывают безалаберные, а у Фреда денег мало, приходится терпеть студентов. Учитывая настроения большого начальства верить миляге-Фреду, злой умысел тут не докажешь, и Фреда не поймаешь.
На какое-то время мы успокоились, нам было приказано заниматься своим делом, а именно самим изготавливать ДНКовый рецептор для того, чтобы вешать на электроды. Я разработала методику, ее долго утверждали в верхах, спрашивали всех возможных консультантов, которые хором отвечали, что методика хорошая и работать будет. После чего нам с Жориком повелели воплотить ее в жизнь.
Все это время Фред еженедельно посылал свои растворы ДНК и лично изготовленый рецептор в Золотой Ключик, где делались электронные чипы. Тамошние инженеры вешали рецепторы Фреда на электроды и использовали растворы Фреда как положительный контроль качества чипов, и все шло хорошо, чипы давали сигнал, инженеры получали деньги, и все были при деле. Однако же инженеры никак не могли забыть свои данные про "голый" чип, дающий дивной красоты сигнал. И решили померить, а сколько ДНК им присылает Фред, и совершенно обалдели от несоответствия между реальностью и ожиданием. Мы-то давно привыкли, и образцы Фреда старались для своих экспериментов не использовать, ведь все равно не знаешь, что там налито, он не скажет. А тут Золотой Ключик начал гнать волну и требовать разобраться. Прислали нам растворы Фреда, они их все сохранили, а начальство вдруг засуетилось и потребовало измерений.
Наш Жорик пошел померить концентрацию ДНК и принес несуразные данные. Раньше мы использовали только метод, в котором двуцепочечная ДНК связывается с флуоресцентной краской, он наиболее адекватен, ибо меряет саму спираль ДНК. А тут решили заодно измерить так, как это делает Фред, по поглощению света в ультрафиолете, при длине волны 260 нм. Обычно если ДНК чистая, оба метода неплохо сходятся. А тут 5 порядков разницы, у меня глаза на лоб полезли. Жорик по началу не понял, чего я так возбудилась, я объяснила, что в ультрафиолете поглощает далеко не только ДНК, и такая разница - это как раз тот самый след вещества, которое наш мошенник добавляет для получения сигнала, и след этот вполне материальный и измеряемый. Следующий шаг был мне понятен, и мы рысью побежали к спектрофотометру снимать полные спектры образцов в ультрафиолете. Первым мы сняли спектр пропил галлата, получив два красивеньких пика, в точности, как описано в литературе, 217 и 274 нм. Следующим пошел "положительный" образец от Фреда, кривая спектра пошла вверх, но не там, немножко позже, чем у пропил галлата! След оказался чем-то новеньким, незнакомым, вещество Х, официально не присутствующее во Фредовом буфере. Вот ради таких моментов, когда можно померить, увидеть и понять, - и стоит заниматься точными науками.
Мы срочно продолжили мерить нашу коллекцию образцов. По всем описаниям нашего жулика, каждый образец являет собой очищенную ДНК в воде (тоже чистой!). На самом деле, ДНК в растворах не оказалось вовсе, или было так мало, что не видно на спектре (у нее должен быть пик на 260 нм, а там все было гладко). Зато во всех "положительных" образцах от Фреда вылезал единственный, но огромный пик на длине волны 218 нм. Вещество Х присутствовало в диких количествах, чтобы влезть в шкалу измерения нам пришлось разводить положительные образцы минимум на три порядка (для измерения на чипе их надо разводить всего на один порядок). А в отрицательных образцах ДНК от Фреда это вещество либо полностью отсутствовало, либо его было мало.
Ну вроде бы все ясно и очевидно. Работают только образцы от изобретателя, наше ДНК не работает, хотя мы его неоднократно прочитывали вдоль и поперек, чтобы доказать, что работаем с нужной последовательностью. А у Фреда только те образцы работают, которые содержат вещество Х. Ну вроде пора гнать изобретателя поганой метлой. Подводя печальный итог, мы доложили наши результаты с красивыми картинками спектров большому боссу Стиву, устроив телеконференцию с Калифорнией. В презентации я очень постаралась обойтись без эмоций - вот факты, интерпретируйте сами. По образованию Стив - химик-аналитик.
Первая реакция Стива была: "Фред не мог добавить это вещество нарочно, оно случайно туда само попало. Скорее всего из грязной воды или посуды после мытья, остатки детергентов. ". Я ответила, что речь идет о миллимолярных количествах (минимум квинтиллион молекул на ячейку чипа), это вам не кот чихнул. Более того, если мерить концентрацию ДНК в ультрафиолете, то не заметить это вещество невозможно, оно все забьет, а он спектр якобы снимал, ибо приложил соответствующую распечатку к образцу. Следующая реакция Стива: "Студенты-лаборанты постарались, а Фред тут ни при чем. А вообще подумай, эту платформу тестировало 8 ученых. Не мог же Фред их всех обмануть?" Тут я глубоко задумалась о критической массе ученых, которую уже нельзя обмануть, и решила, что хотя 8 и магическое число, но магия чисел в науке работать не должна. В момент этой реплики Стива я подняла глаза, и увидела, как моя шефиня Кэти сначала спрятала лицо в ладонях, а потом запустила руки в свои роскошные кудри, и принялась дергать себя за волосы. У каждого свои способы борьбы со стрессом. Впрочем, она промолчала. Я тоже заткнулась, с трудом, призвав совок на помощь. Ведь тебя, Маня, водили к могиле Усатого при приеме в пионеры? И ты промолчала, когда все вокруг ему салютовали? Ведь у тебя всегда были пятерки по научному коммунизму, несмотря на все твое диссидентство? Ну вот и помалкивай, целее будешь. Ибо слишком говорливых на работу не берут, а прослойка - узкая. Всем начальникам нужна лояльность.
Но видимо свои истинные чувства я все же разучилась скрывать, и они стали понятны Стиву. Ибо наутро я получила совершенно роскошное письмо. Вот вольный и сильно сокращенный перевод: "Мария, ты представляешь себе изобретателя Фреда неким дьяволом. Но он не дьявол, если бы он сознательно нас обманывал, у него все образцы бы были положительны, а так - только некоторые. Мне кажется, что Фред - это гениальный ребенок, который резвится на зеленой лужайке, не обращая внимание на законы взрослых. Именно поэтому он постоянно меняет составы своих растворов, условия экспериментов, и нигде не записывает свои игры. А мир взрослых, вся эта твоя молекулярная биология, его конфузит и напрягает, стрессирует бедного мальчика. Так мы никогда с ним не разберемся. Вместо этого нам надо поступить, как делают детские психологи - наблюдать за играющим ребенком. Мне кажется, что нам надо послать кого-нибудь наблюдать за ним в его лаборатории в Монтане, чтобы выяснить, как же он получает свои гениальные результаты.. Но эти уже будет не твоя задача".
Итак - я же и оказалась виновата, что молекулярная биология - точная наука, и что я в ней понимаю. Оконфузила бедное дитя. А между прочим это "гениальное" дитя играет на лужайке в рамках грантов Министерства Обороны на деньги американских налогоплательщиков. Интересно, как Пентагон бы отнесся к таким детским играм? Да и компания выбрасывает немалые деньги на игры ребеночка. Впрочем, для меня злой умысел очевиден, и это и есть моя главная проблема - я привыкла быть честной, и отвыкла от политики молчать в тряпочку. Да и зарплату мне платили вполне приличную не за молчание и конформизм, а за мои профессиональные умения, куда несомненно входит и экспертная оценка, т.е. мое мнение. И кроме интересов самого Стива, есть еще и Добро с большой буквы, для такого циника, как я, звучит крайне неубедительно. Но уж больно случай очевидный.
Собственно, я уже со второго месяца работы предполагала, что Фред мухлюет. Однако же разрешение на эксперименты по выяснению, что же Фред добавляет, нам дали только после получения данных от Золотого Ключика. Другим фактором оказалось изменение цвета: как известно большинству молекулярных биологов, раствор чистой ДНК в воде - бесцветный и прозрачный. А тут "работающий" раствор ДНК в воде, присланый Фредом, вдруг начал желтеть, причем прямо сразу, как мы его достали из посылки и разморозили. Желтенький цвет дает один из компонентов магического буфера, пропил галлат (ПГ), который может сам с собою связываться, образуя таннины цвета чая. Если их немного, то как раз и получается желтенький цвет. Начальство спросило изобретателя, в чем растворена его ДНК, и услышав вранье про чистую воду, тут же позволило эксперименты с ПГ. Оказалось, что если его налить в тестовый буфер раз в 20-100 больше, чем в контроле, то получается отличный красивый сигнал, в точности такой, какой дает ДНК Фреда. Мы было обрадовались, что все выяснилось. Однако наличие лишнего ПГ в образце всегда можно было списать на рассеянность и безалаберность Фреда, мол, с кем не бывает, ливанул лишнего концентрата в буфер, как всегда, очень спешил вам на помощь, молодцы, что нашли и все исправили! А еще ведь есть студенты-лаборанты, на которых можно что угодно свалить, и все поверят. Все знают, какие студенты бывают безалаберные, а у Фреда денег мало, приходится терпеть студентов. Учитывая настроения большого начальства верить миляге-Фреду, злой умысел тут не докажешь, и Фреда не поймаешь.
На какое-то время мы успокоились, нам было приказано заниматься своим делом, а именно самим изготавливать ДНКовый рецептор для того, чтобы вешать на электроды. Я разработала методику, ее долго утверждали в верхах, спрашивали всех возможных консультантов, которые хором отвечали, что методика хорошая и работать будет. После чего нам с Жориком повелели воплотить ее в жизнь.
Все это время Фред еженедельно посылал свои растворы ДНК и лично изготовленый рецептор в Золотой Ключик, где делались электронные чипы. Тамошние инженеры вешали рецепторы Фреда на электроды и использовали растворы Фреда как положительный контроль качества чипов, и все шло хорошо, чипы давали сигнал, инженеры получали деньги, и все были при деле. Однако же инженеры никак не могли забыть свои данные про "голый" чип, дающий дивной красоты сигнал. И решили померить, а сколько ДНК им присылает Фред, и совершенно обалдели от несоответствия между реальностью и ожиданием. Мы-то давно привыкли, и образцы Фреда старались для своих экспериментов не использовать, ведь все равно не знаешь, что там налито, он не скажет. А тут Золотой Ключик начал гнать волну и требовать разобраться. Прислали нам растворы Фреда, они их все сохранили, а начальство вдруг засуетилось и потребовало измерений.
Наш Жорик пошел померить концентрацию ДНК и принес несуразные данные. Раньше мы использовали только метод, в котором двуцепочечная ДНК связывается с флуоресцентной краской, он наиболее адекватен, ибо меряет саму спираль ДНК. А тут решили заодно измерить так, как это делает Фред, по поглощению света в ультрафиолете, при длине волны 260 нм. Обычно если ДНК чистая, оба метода неплохо сходятся. А тут 5 порядков разницы, у меня глаза на лоб полезли. Жорик по началу не понял, чего я так возбудилась, я объяснила, что в ультрафиолете поглощает далеко не только ДНК, и такая разница - это как раз тот самый след вещества, которое наш мошенник добавляет для получения сигнала, и след этот вполне материальный и измеряемый. Следующий шаг был мне понятен, и мы рысью побежали к спектрофотометру снимать полные спектры образцов в ультрафиолете. Первым мы сняли спектр пропил галлата, получив два красивеньких пика, в точности, как описано в литературе, 217 и 274 нм. Следующим пошел "положительный" образец от Фреда, кривая спектра пошла вверх, но не там, немножко позже, чем у пропил галлата! След оказался чем-то новеньким, незнакомым, вещество Х, официально не присутствующее во Фредовом буфере. Вот ради таких моментов, когда можно померить, увидеть и понять, - и стоит заниматься точными науками.
Мы срочно продолжили мерить нашу коллекцию образцов. По всем описаниям нашего жулика, каждый образец являет собой очищенную ДНК в воде (тоже чистой!). На самом деле, ДНК в растворах не оказалось вовсе, или было так мало, что не видно на спектре (у нее должен быть пик на 260 нм, а там все было гладко). Зато во всех "положительных" образцах от Фреда вылезал единственный, но огромный пик на длине волны 218 нм. Вещество Х присутствовало в диких количествах, чтобы влезть в шкалу измерения нам пришлось разводить положительные образцы минимум на три порядка (для измерения на чипе их надо разводить всего на один порядок). А в отрицательных образцах ДНК от Фреда это вещество либо полностью отсутствовало, либо его было мало.
Ну вроде бы все ясно и очевидно. Работают только образцы от изобретателя, наше ДНК не работает, хотя мы его неоднократно прочитывали вдоль и поперек, чтобы доказать, что работаем с нужной последовательностью. А у Фреда только те образцы работают, которые содержат вещество Х. Ну вроде пора гнать изобретателя поганой метлой. Подводя печальный итог, мы доложили наши результаты с красивыми картинками спектров большому боссу Стиву, устроив телеконференцию с Калифорнией. В презентации я очень постаралась обойтись без эмоций - вот факты, интерпретируйте сами. По образованию Стив - химик-аналитик.
Первая реакция Стива была: "Фред не мог добавить это вещество нарочно, оно случайно туда само попало. Скорее всего из грязной воды или посуды после мытья, остатки детергентов. ". Я ответила, что речь идет о миллимолярных количествах (минимум квинтиллион молекул на ячейку чипа), это вам не кот чихнул. Более того, если мерить концентрацию ДНК в ультрафиолете, то не заметить это вещество невозможно, оно все забьет, а он спектр якобы снимал, ибо приложил соответствующую распечатку к образцу. Следующая реакция Стива: "Студенты-лаборанты постарались, а Фред тут ни при чем. А вообще подумай, эту платформу тестировало 8 ученых. Не мог же Фред их всех обмануть?" Тут я глубоко задумалась о критической массе ученых, которую уже нельзя обмануть, и решила, что хотя 8 и магическое число, но магия чисел в науке работать не должна. В момент этой реплики Стива я подняла глаза, и увидела, как моя шефиня Кэти сначала спрятала лицо в ладонях, а потом запустила руки в свои роскошные кудри, и принялась дергать себя за волосы. У каждого свои способы борьбы со стрессом. Впрочем, она промолчала. Я тоже заткнулась, с трудом, призвав совок на помощь. Ведь тебя, Маня, водили к могиле Усатого при приеме в пионеры? И ты промолчала, когда все вокруг ему салютовали? Ведь у тебя всегда были пятерки по научному коммунизму, несмотря на все твое диссидентство? Ну вот и помалкивай, целее будешь. Ибо слишком говорливых на работу не берут, а прослойка - узкая. Всем начальникам нужна лояльность.
Но видимо свои истинные чувства я все же разучилась скрывать, и они стали понятны Стиву. Ибо наутро я получила совершенно роскошное письмо. Вот вольный и сильно сокращенный перевод: "Мария, ты представляешь себе изобретателя Фреда неким дьяволом. Но он не дьявол, если бы он сознательно нас обманывал, у него все образцы бы были положительны, а так - только некоторые. Мне кажется, что Фред - это гениальный ребенок, который резвится на зеленой лужайке, не обращая внимание на законы взрослых. Именно поэтому он постоянно меняет составы своих растворов, условия экспериментов, и нигде не записывает свои игры. А мир взрослых, вся эта твоя молекулярная биология, его конфузит и напрягает, стрессирует бедного мальчика. Так мы никогда с ним не разберемся. Вместо этого нам надо поступить, как делают детские психологи - наблюдать за играющим ребенком. Мне кажется, что нам надо послать кого-нибудь наблюдать за ним в его лаборатории в Монтане, чтобы выяснить, как же он получает свои гениальные результаты.. Но эти уже будет не твоя задача".
Итак - я же и оказалась виновата, что молекулярная биология - точная наука, и что я в ней понимаю. Оконфузила бедное дитя. А между прочим это "гениальное" дитя играет на лужайке в рамках грантов Министерства Обороны на деньги американских налогоплательщиков. Интересно, как Пентагон бы отнесся к таким детским играм? Да и компания выбрасывает немалые деньги на игры ребеночка. Впрочем, для меня злой умысел очевиден, и это и есть моя главная проблема - я привыкла быть честной, и отвыкла от политики молчать в тряпочку. Да и зарплату мне платили вполне приличную не за молчание и конформизм, а за мои профессиональные умения, куда несомненно входит и экспертная оценка, т.е. мое мнение. И кроме интересов самого Стива, есть еще и Добро с большой буквы, для такого циника, как я, звучит крайне неубедительно. Но уж больно случай очевидный.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2018-06-23 03:47 am (UTC)no subject
Date: 2018-06-23 03:48 am (UTC)no subject
Date: 2018-06-23 05:02 am (UTC)no subject
Date: 2018-06-23 03:48 pm (UTC)Меня периодически просто душила злость, причем больше всех меня доставал не мошенник Фред, а начальник Стив. Только блвгодаря Стиву Фред пока не сидит в тюрьме, где ему самое место.
no subject
Date: 2018-06-23 11:20 am (UTC)no subject
Date: 2018-06-23 03:50 pm (UTC)Или тихо пропадать в уголке. Многие хитрить не умеют или не хотят по чистоплюйству. Впрочем в здешних краях за слишком много мошенничества можно крепко сесть. Пример - это Элизабет Холмс и ее компания Theranos.
no subject
Date: 2018-06-24 02:37 pm (UTC)no subject
Date: 2018-06-23 09:12 pm (UTC)no subject
Date: 2018-06-24 01:11 am (UTC)no subject
Date: 2018-06-23 09:23 pm (UTC)Когда нам, простым академикам, надо послать, скажем ДНК на какой-нибудь рутинный анализ-секвенирование, не говоря уж о новом, только разрабатываемом анализе, то никто у нас его не возьмет пока мы не померяем концентрацию и не сделаем QC всеми возможными способами - и qubit'ом, и на нанодропе, и на простом геле и на агиленте, и чтобы все сходилось идеально, и где нужны полосы, чтобы были полосы, а где smear - smear без полос. А если кто возьмет, то это халтурщики, потому что потратят последние и единственные денюжки из гранта на это секвенирование, которое провалится из-за некачественного образца. Да и денег нам никто не даст, пока мы 10 раз не напишем в грантах как мы будем тщательно делать QC. И статьи потом не опубликуют если не.
То что Вы рассказываете - что жулик вместо ДНК наливал чего-то еще, а отлов произошел путем спектрофотометрического! определения! концентрации! - совершенно, абсолютно, 100% невозможно в академической науке, где мы все под
колпаком у мюллераscrutiny рецензентов и ревьюеров и пол крайне ограниченными деньгами, что требует непрерывной и тщательной перепроверки всего. Никакой Фред не стал бы так топорно мухлевать, потому что его отловили бы в первые 10 минут. И сами мы постоянно участвуем в дискурсе в роли тех самых придирчивых рецензентов, что развивает навык отлова лажи. А вы ребята живете в индустриальном раю и оттого доверчивы. ))no subject
Date: 2018-06-24 01:23 am (UTC)no subject
Date: 2018-06-24 12:48 pm (UTC)