mary_spiri: (Default)
[personal profile] mary_spiri
Тут надо сделать отступление про моего умного мужа. Который, выслушав технические детали, сразу сообщил, что это все туфта, работать не может, просто потому, что чудес в природе не бывает, а на пути подобной технологии слишком много технических затыков, которые изобретатель даже себе не представляет судя той чуши, что он несет. Но естественно я предпочла принять желаемое за действительное (как и все вокруг меня в компании), и кинулась в работу с головой в надежде на чудо.

К сожалению ли, к счастью ли, чуда не произошло. Технология работала первые два дня, пока нами занимались изобретатели Фред с Брэдом. Фред лично готовил раствор ДНК, который использовался для измерений. Как только изобретатели уехали, технология тут же работать перестала. Работал только тот самый, лично приготовленый Фредом раствор. Надо сказать, что почистить и развести ДНК - дело тривиальное, уровень сложности минимален. На всякий случай мы еще и напрямую прочли последовательность полученной ДНК - все оказалось в порядке, то, что нужно, полная комплементарность с рецептором на чипе. А тут не работает вырезанная под размер и почищенная ДНК, в точности соответствующая рецептору.

Изобретателя срочно вызвали к нам снова, и Фред приехал. Технология тут же снова заработала. Причем я честно попыталась сама сделать растворы ДНК, ибо сомнения у меня уже зародились. Но я физически не могла отследить все, что происходило в лаборатории, дел было слишком много. Помню только, что Фред меня услал, а последнее разведение, которое пошло на чипы, сделал уже сам. И тут же все заработало. Однако изобретатель не смог объяснить, почему технология раньше не работала, а просто вернулся к себе в Монтану. И технология сразу перестала работать. Кроме тех растворов, которые сделал сам Фред лично.

Тут в общем мне все стало ясно, да и моему начальству Кэти тоже: Фред явно что-то дополнительное добавлял в растворы ДНК, после чего они начинали работать, выдавая положительный сигнал на чипах. Но у начальства осталась вера, что Фред принялся срезать углы из-за спешки, а на самом-то деле технология может работать, просто случился обычный затык, который надо теперь преодолеть упорным трудом. Я бы тоже может поверила, если бы вечером дома меня не встречал вопрос мужа: "Ну как день прошел, как идет ваша борьба с законом Ома?". В общем, я понимала, что закон Ома скорее всего в конце победит, поэтому постаралась переключиться на что-нибудь продуктивное, чтобы не зря получать вполне приличную зарплату.

А именно, мы с Жориком и Левиком стали проверять, что происходит в магическом буфере. Который, по словам изобретателя, был специально разработан, чтобы осуществить все необходимые этапы в подготовке образца: убить и лизировать клетки, фрагментировать длинную ДНК на короткие кусочки и разъединять двуцепочечную спираль на отдельные цепочки. Во время нашего первого знакомства Фред выдал двухчасовой доклад с картинками, которые иллюстрировали каждый этап конкретными результатами: например, вот так буфер фрагментирует ДНК. Надо сказать, что несмотря на 20 лет работы с ДНК, я никогда не сталкивалась с реактивами, которые использовал Фред, и про методы подобные ничего не знала, так что априорно поверила авторитету.

А зря, теперь я понимаю, почему ничего не слышала про такой подход - он не работает. Левик быстро показал, что магический буфер клетки почти не убивает и не лизирует. А мы с Жориком показали полное отсутствие фрагментации ДНК, а потом и полную невозможность этой фрагментации в силу того, что ионы меди, которые должны ДНК раздалбывать, в магическом буфере прочно связаны остальными компонентами и полностью неактивны. После чего мы тут же разработали свой буфер для фрагментации ДНК (сразу на всякий случай три разных буфера), оптимизировали способы поломку запускать и потом резко останавливать, когда надо, и сделали всевозможные методики по контролю качества этой ДНК. И естественно попробовали наносить уже поломанную ДНК разных размеров на чипы, но что бы мы не делали, положительный сигнал на чипах нам получить так и не удалось.

Вот тут-то меня дернуло внимательно посмотреть картинки с результатами фрагментации ДНК из доклада Фреда, и тут же стало понятно, что это откровенная подтасовка, полный обман. Обычно уменьшение размеров ДНК при фрагментации смотрят по скорости движения на геле, чем меньше размер, тем выше скорость, выражаемая как расстояние от старта в заданное время. Картинка Фреда выглядела как лесенка со ступеньками, все ступеньки были идентичны, очень четко очерчены, и отличались только расстоянием от старта. А на самом деле в процессе фрагментации ступеньки должны размываться, терять четкие очертания, причем сразу, т.к. процесс поломки ДНК случаен. И я тут же поняла, как можно сделать картинку со ступеньками Фреда: просто за счет разного времени пробега все того же нефрагментированного образца. Наносишь первую ступеньку, даешь ей пробежать подальше от старта, наносишь вторую и т.д., так они и двигаются, с одной скоростью, но на разных расстояниях от старта. Получается красивая лесенка, не имеющая ничего общего с реальностью. Такая вот "Эврика!" со мной случилась, и стало мне донельзя паршиво на душе.

Вот тут я наконец пошла к начальству и озвучила свои навязчивые мысли: "Это все обман и подтасовка, никаких процессов, которые должны происходить, на самом деле нет. А картинок таких я могу сделать вагон, вот только к реальности они отношения иметь не будут, как и Фредовы". Начальство Кэти уже была мрачна после всех прежних перипетий, тут она потемнела лицом еще больше, но сказала только одно: "Не беспокойся, я тебя услышала и твою мысль поняла". А ее заместитель сказал: "Ну ты же знаешь, что случится с вашими ставками, если проект закроют". Смолчать я не смогла: конечно знаю, их закроют тоже. Впрочем, меня попросили все задокументировать, что я и сделала, но чисто научно, наши результаты и факты, и ни слова про обман Фреда.

Между тем, сверху пришла новая директива: изобретателю можно не верить по мелочи, но в главном Фред всегда прав, платформа же работает! А почему - потом разберемся. Скорее всего, все эти важные процессы, описанные Фредом, могут проис ходить только в ячейке на чипе при приложении вольтажа, когда ток есть. А мы-то работаем пока не на чипах. А неудобный факт, что Фредовы картинки были сделаны тоже не на чипе, а в пробирке, было приказано игнорировать. Вот сейчас сделаем чипы, и все сразу заработает. А делать чипы уже наняли электронную компанию "Золотой Ключик" (ЗК), Фред начал им помогать и их учить, и дело сразу пошло, так что совсем скоро у всех будет все отлично, и вам, недотепам, поможем наладить дело. А пока сидите тихо, готовьте для нас реагенты и так, по мелочи помогайте, если на большее не способны. А потом мы снова пошлем вас ловить черную кошку в темной комнате, не зная, а есть ли она там.

Date: 2018-06-18 03:32 am (UTC)
From: [identity profile] marinta.livejournal.com
Просто настоящий детектив!

Date: 2018-06-18 04:04 am (UTC)
From: [identity profile] mary-spiri.livejournal.com
Да, моя нынешняя жизнь пресна и скучна по сравнению. Зато вроде как более стабильна, как я надеюсь. А детективы буду смотреть по Нетфликсу.

Date: 2018-06-18 02:13 pm (UTC)
From: [identity profile] taganay.livejournal.com
Типичная лысенковщина, разве что несогласных не сажают.

Date: 2018-06-18 07:16 pm (UTC)
From: [identity profile] mary-spiri.livejournal.com
По мотивациям конечно лысенковщина, петриковщина и т.п. Однако главное в лысенковщине были последствия. Раздолбанная наука, разрушенные судьбы, процветание мерзавцев. Причем на государственном уровне. У нас тут последствия поскромнее будут. Наука цела, люди тоже. А вот деньги изрядно просраны, pardon my french. Но это даже не деньги налогоплательщиков. А Био-Био мне не жалко, чего их жалеть? Гу сдохнут, другие придут.

и/е

Date: 2018-06-20 04:15 am (UTC)
From: [identity profile] ymi-an-island.livejournal.com
>но что бы мы не делали
ага! ага! я отмщен.

Date: 2018-06-20 04:17 am (UTC)
From: [identity profile] ymi-an-island.livejournal.com
>Картинка Фреда выглядела как лесенка со ступеньками, все ступеньки были идентичны, очень четко очерчены, и отличались только расстоянием от старта. А на самом деле в процессе фрагментации ступеньки должны размываться, терять четкие очертания, причем сразу, т.к. процесс поломки ДНК случаен.

то есть чувак показывает лесенку там где должно быть smear и никто его сразу же не спросил?
он похоже талантливый гипнотезер

Date: 2018-06-21 03:01 am (UTC)
From: [identity profile] mary-spiri.livejournal.com
Народ в Био-Био в основном либо химики, главный начальник Стив пришел из аналитической химии, либо иммунологи, они в этих всяких ДНК не копенгаген. А верить предпочитают тем, кто им нравится, и в то, во что хочется. Фред говорит: "А у меня все щепится", - и ему верят. А я говорю: "Не щепится и не может щепиться", - морщатся и не слушают. Я ведь и сама поддалась на какое-то время чужой слепой вере: "Если на клетке со слоном вы видите надпись "Тигр", - не верьте глазам своим", ну я и не верила глазам своим. В защиту себе скажу, что у меня это быстро прошло, недели за две. А вот мальчики Жорик с Левиком очень долго не могли избавиться от этого гипноза: ведь демо работает!

Date: 2018-06-20 04:22 am (UTC)
From: [identity profile] ymi-an-island.livejournal.com
а еще можно вопрос? какой-такой специальный буфер для нарезания днк? вроде бы какую аппликацию ни возьми, где нужны фрагменты определенной длины - вопрос решается либо смесью рестриктаз, либо ультразвуком. Или это надо чтобы метод был дешевым и экспрессным, все в одном флаконе?

Date: 2018-06-20 05:29 am (UTC)
From: [identity profile] watchinexile.livejournal.com
Разве ультразук может - определённой длины?

Date: 2018-06-24 12:52 pm (UTC)
From: [identity profile] ymi-an-island.livejournal.com
строго определенной длины конечно нет. Но можно подобрать длительность и интенсивность чтобы скажем 75% фрагментов оказались в диапазоне от 150 до 400. а это обычно и нужно.

Date: 2018-06-21 02:55 am (UTC)
From: [identity profile] mary-spiri.livejournal.com
Дело в том, что метод фрагментации ДНК, предложеный Фредом, сильно отличается от стандартных. Он основан на Фентоновскох реакциях, которые были крайне модны и популярны в 80-е и 90-е, а потом тихо позабыты. Фред сам по себе ничего не изобрел (ибо вряд ли может), я за 5 минут нашла больше дюжины публикаций (DNA fragmentation, Fenton reaction), описывающих процесс и механизмы. Если кратко, то катионы переходных металлов, обычно меди и железа, связываются с ДНК по гуанинам. Если теперь туда добавить перекись водорода (или аскорбинку), то начинается циклический редокс-процесс перехода катионов из одного окисленного состояния в другое, в процессе утилизируется перекись и щепится ДНК. Естественно в основном по гуанинам, где металл сидит. Любые сильные комплексоны, связывающие металл, полностью подавляют сей процесс. Литература в основном описывает, как фентоновское расщепление ДНК за счет меди начинают добавлением перекиси, а останавливают добавлением ЭДТА. Каково же было мое удивление, когда Фредов буфер содержал медь, перекись и ЭДТА сразу, в одном флаконе. Плюс еще гистидин, который активно используется в электронной промышленности для комплексации меди в качестве стоп-реагента. Естественно буфер Фреда ДНК не щепил. Я его буфер разобрала по компонентам (там их много), а потом сделала свою систему щепления ДНК, очень хорошо контролируемую. Так что теперь я знаю, как сделать smear с нужным медианным размером, но он конечно будет широким, типа 600 нуклеотидов плюс-минус 300. А у Фреда аккуратненькие ступеньки такие, и все одинаковые. А начальство хотело чуда. И мой вариант буфера им не подошел: там две стадии вместо одной. Маркетинг им сказал, что потребителям нужно не более одной стадии.

Date: 2018-06-24 12:50 pm (UTC)
From: [identity profile] ymi-an-island.livejournal.com
очень интересно, ничего не знал об этом

Date: 2018-06-24 01:40 pm (UTC)
From: [identity profile] mary-spiri.livejournal.com
Я тоже ничего не знала, пока не начала копаться в литературе и сама тестировать. А система хорошая, отлично контролируется, странно, что ее сейчас никто не применяет. Там все такое старое и опубликованное, что секретов и патентов нет, бери - не хочу.

Date: 2018-06-20 05:32 am (UTC)
From: [identity profile] watchinexile.livejournal.com
Просто уровень дебилизма менеджеров начинает зашкаливать. И нельзя сказать, что "в одной отдельно взятой стране".

Date: 2018-06-21 03:03 am (UTC)
From: [identity profile] mary-spiri.livejournal.com
Ага, хоть бы одним глазком посмотреть на экземпляр менеджера-недебила. Мой нынешний тоже вроде стремится в чудаки на букву М. Посмотрим, может это временное помрачение ума.

Profile

mary_spiri: (Default)
mary_spiri

January 2026

S M T W T F S
    123
4 5678910
111213 14151617
18192021 222324
25262728293031

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jan. 23rd, 2026 05:10 pm
Powered by Dreamwidth Studios