Глава 4. Гладко было на бумаге

[mary_spiri]

Предисловие https://mary-spiri.livejournal.com/192408.html

Глава 1. https://mary-spiri.livejournal.com/192589.html

Глава 2. https://mary-spiri.livejournal.com/192858.html

Глава 3. https://mary-spiri.livejournal.com/193150.html

Тут надо сделать отступление про моего умного мужа. Который, выслушав технические детали, сразу сообщил, что это все туфта, работать не может, просто потому, что чудес в природе не бывает, а на пути подобной технологии слишком много технических затыков, которые изобретатель даже себе не представляет, судя той чуши, что он несет. Но естественно я предпочла принять желаемое за действительное (как и все вокруг меня в компании), и кинулась в работу с головой в надежде на чудо.

К сожалению ли, к счастью ли, чуда не произошло. Технология работала первые два дня, пока нами занимались изобретатели Фред с Брэдом. Фред лично готовил раствор ДНК, который использовался для измерений. Как только изобретатели уехали, технология тут же работать перестала. Работал только тот самый, лично приготовленый Фредом раствор. Надо сказать, что почистить и развести ДНК - дело тривиальное, уровень сложности минимален. На всякий случай мы еще и напрямую прочли последовательность полученной ДНК - все оказалось в порядке, то, что нужно, полная комплементарность с рецептором на чипе. А тут не работает вырезанная под размер и почищенная ДНК, в точности соответствующая рецептору.

Изобретателя срочно вызвали к нам снова, и Фред приехал. Технология тут же снова заработала. Причем я честно попыталась сама сделать растворы ДНК, ибо сомнения у меня уже зародились. Но я физически не могла отследить все, что происходило в лаборатории, дел было слишком много. Помню только, что Фред меня услал, а последнее разведение, которое пошло на чипы, сделал уже сам. И тут же все заработало. Однако изобретатель не смог объяснить, почему технология раньше не работала, а просто вернулся к себе в Монтану. И технология сразу перестала работать. Кроме тех растворов, которые сделал сам Фред лично.

Тут в общем мне все стало ясно, да и моему начальству Кэти тоже: Фред явно что-то дополнительное добавлял в растворы ДНК, после чего они начинали работать, выдавая положительный сигнал на чипах. Но у начальства осталась вера, что Фред принялся срезать углы из-за спешки, а на самом-то деле технология может работать, просто случился обычный затык, который надо теперь преодолеть упорным трудом. Я бы тоже может поверила, если бы вечером дома меня не встречал вопрос мужа: "Ну как день прошел, как идет ваша борьба с законом Ома?". В общем, я понимала, что закон Ома в конце победит, поэтому постаралась переключиться на что-нибудь продуктивное, чтобы не зря получать вполне приличную зарплату.

А именно, мы с Жориком и Левиком стали проверять, что происходит в магическом буфере. Который, по словам изобретателя, был специально разработан, чтобы осуществить все необходимые этапы в подготовке образца: убить и лизировать клетки, фрагментировать длинную ДНК на короткие кусочки и разъединять двуцепочечную спираль на отдельные цепочки. Во время нашего первого знакомства Фред выдал двухчасовой доклад с картинками, которые иллюстрировали каждый этап конкретными результатами: например, вот так буфер фрагментирует ДНК. Надо сказать, что несмотря на 20 лет работы с ДНК, я никогда не сталкивалась с реактивами, которые использовал Фред, и про методы подобные ничего не знала, так что априорно поверила авторитету.

А зря, теперь я понимаю, почему ничего не слышала про такой подход - он не работает. Левик быстро показал, что магический буфер клетки почти не убивает и не лизирует. А мы с Жориком показали полное отсутствие фрагментации ДНК, а потом и полную невозможность этой фрагментации в силу того, что ионы меди, которые должны ДНК раздалбывать, в магическом буфере прочно связаны остальными компонентами и полностью неактивны. После чего мы тут же разработали свой буфер для фрагментации ДНК (сразу на всякий случай три разных буфера), оптимизировали способы запускать и потом резко останавливать, когда надо, и сделали всевозможные методики по контролю качества этой ДНК. И естественно попробовали наносить уже поломанную ДНК разных размеров на чипы, но что бы мы не делали, положительный сигнал на чипах нам получить так и не удалось.

Вот тут-то меня дернуло внимательно посмотреть картинки с результатами фрагментации ДНК из доклада Фреда, и тут же стало понятно, что это откровенная подтасовка, полный обман. Обычно уменьшение размеров ДНК при фрагментации смотрят по скорости движения на геле, чем меньше размер, тем выше скорость, выражаемая как расстояние от старта в заданное время. Картинка Фреда выглядела как лесенка со ступеньками, все ступеньки были идентичны, очень четко очерчены, и отличались только расстоянием от старта. А на самом деле в процессе фрагментации ступеньки должны размываться, терять четкие очертания, причем сразу, т.к. процесс поломки ДНК случаен. И я тут же поняла, как можно сделать картинку со ступеньками Фреда: просто за счет разного времени пробега все того же нефрагментированного образца. Наносишь первую ступеньку, даешь ей пробежать подальше от старта, наносишь вторую и т.д., так они и двигаются, с одной скоростью, но на разных расстояниях от старта. Получается красивая лесенка, не имеющая ничего общего с реальностью. Такая вот "Эврика!" со мной случилась, и стало мне донельзя паршиво на душе.

Вот тут я наконец пошла к начальству и озвучила свои навязчивые мысли: "Это все обман и подтасовка, никаких процессов, которые должны происходить, на самом деле нет. А картинок таких я могу сделать вагон, вот только к реальности они отношения иметь не будут, как и Фредовы". Начальство Кэти уже была мрачна после всех прежних перипетий, тут она потемнела лицом еще больше, но сказала только одно: "Не беспокойся, я тебя услышала и твою мысль поняла". А ее заместитель сказал: "Ну ты же знаешь, что случится с вашими ставками, если проект закроют". Смолчать я не смогла: конечно знаю, их закроют тоже. Впрочем, меня попросили все задокументировать, что я и сделала, но чисто научно, наши результаты и факты, и ни слова про обман Фреда.

Между тем, сверху пришла новая директива: изобретателю можно не верить по мелочи, но в главном Фред всегда прав, платформа же работает! А почему - потом разберемся. Скорее всего, все эти важные процессы, описанные Фредом, могут проис ходить только в ячейке на чипе при приложении вольтажа, когда ток есть. А мы-то работаем пока не на чипах. А неудобный факт, что Фредовы картинки были сделаны тоже не на чипе, а в пробирке, было приказано игнорировать. Вот сейчас сделаем чипы, и все сразу заработает. А делать чипы уже наняли электронную компанию "Золотой Ключик" (ЗК), Фред начал им помогать и их учить, и дело сразу пошло, так что совсем скоро у всех будет все отлично, и вам, недотепам, поможем наладить дело. А пока сидите тихо, готовьте для нас реагенты и так, по мелочи помогайте, если на большее не способны. А потом мы снова пошлем вас ловить черную кошку в темной комнате, не зная, а есть ли она там.

Comments

[lj-frank-bot.livejournal.com]

Hello!
LiveJournal categorization system detected that your entry belongs to the category: Наука (https://www.livejournal.com/category/nauka?utm_source=frank_comment).
If you think that this choice was wrong please reply this comment. Your feedback will help us improve system.
Frank,
LJ Team

[mary-spiri.livejournal.com]

Ок

[ivanoff272.livejournal.com]

четайте клазиков: ""ГОРЕ ОТ УМА"

[mary-spiri.livejournal.com]

От ума далеко не только горе. Счастье тоже бывает.

[olaff67.livejournal.com]

Теоретически опытный корпоративный хомячок в такой ситуации должен начинать искать другую работу в другой компании, но лень сильнее.

[mary-spiri.livejournal.com]

Дело было не в лени. Я тогда перешла из академии в индустрию, мне нужен был свежий корпоративный опыт. Иначе не любят брать из академии. По крайней мере на достаточно хорошие позиции. Ну ещё и зарплата там была хороша.

[eugene-nalimov.livejournal.com]

Надо бы мне описать описать похожую историю, завершившую мою 13-летнюю карьеру в Microsoft. В отличие от вас я был не в состоянии сдержаться, и не сдерживал язык не только наедине с начальником, но и на team meetings.

(Дословная цитата из yearly performance review: "комментарии Евгения, будучи абсолютно верными и корректными, отрицательно влияют на мораль junior members of the team").

Через 15 лет что продукт, что группа в Microsoft до сих пор не могут восстановиться.

[mary-spiri.livejournal.com]

Потихоньку и я к тому же пришла, сдерживаться перестала. А потом вовсе ушла. А группа в БиоБио перестала существовать.

[svensk-vanja.livejournal.com]

Тут товарищ недавно ушел из Майкрософта, после 20, что ли, лет работы.
Причем тоже жил в Редмонде и зовут Евгений!
(Но сейчас он в Монро переехал)

[reedcat1965.livejournal.com]

Шикарная формулировка!

[gansgut1.livejournal.com]

А что за продукт, если не секрет?

[syrya.livejournal.com]

Я пару лет в UCSF разбирался с подтасовками и откровенным мошеничестом из других лабораторий

[mary-spiri.livejournal.com]

В топовых университетах это дело обычное. Когда я работала в Японии, мы год боролись со статьей из MIT. Вся их работа была построена четко про анекдоту про Василия Ивановича, который доказал, что таракан слышит ногами (оторвешь ноги, не бежит от сильного звука, значит слышит ногами).

[reedcat1965.livejournal.com]

Желание начальства замести все под ковер понятно: решение покупать это фуфло принимали они, и поскольку это вылезло слишком быстро, то и бонусов им не видать. И спихнуть на рукожопость исполнителей не получится.

[mary-spiri.livejournal.com]

Там сначала было острое желание нажиться с этого фуфла. Но об этом будет в следующем посте через пару дней.

[juniperberryo-o.livejournal.com]

Это прям как моя работа с корреляцией тиков и предтикового ощущения: я сто раз пыталась объяснить, что объединить все результаты в один пулл и уже потом коррелировать - нельзя, это статистически неверно, но моя руководительница группы делала тупое лицо и вопрошала, мол, почему ты все время не согласна с моими предложениями?! А шеф лаборатории верил ей, потому что это был мой первый проект у него (и вообще первый нормальный проект), а у нее «большой опыт». Ну и сделали и даж опубликовали положительный результат. Потом эта большеопытная ушла в другую лабораторию, я ушла в клинику, и когда была снова как-то в лаборатории, там сидел уже молодой человек, который первым делом вопросил меня: «Почему вы собрали все результаты в один пулл перед статистическим анализом? Это же неверно!».
А ведь тоже опубликовано и она даже получила премию какую-то за это исследование…

[mary-spiri.livejournal.com]

Таких случаев много. Мне один раз дырку в голове продалбливала тетка, для которой я делала анализ микроэррейных данных. У нее рыбы Danio rerio в аквариумах без обработки отличались сильнее, чем обработанные от необработанных. Я ей пыталась объяснить, что надо разбираться с контролями. А она нашла себе другого аналитика. Мне было это фиолетово, часть тех поддержки, не она, так другие придут.

[svensk-vanja.livejournal.com]

Про Японию вспомнилось.

Когда я был аспирантом, у нас бытовал термин "японские выходы". Это когда в статье приводится методика какой-нибудь новой реакции, по этой методике делается серия синтезов и во всех синтезах выход 95-99%. Пытаешься воспроизводить - получается выход в лучшем случае процентов 70. Особенно этим отличались японские статьи, но и американских хватало. Вероятно, профессора требуют от аспирантов и постдоков высокие выходы в реакциях... ну и получают что требуют.

Интересно, что в Швеции у аспирантов тоже бытовал аналогичный термин.

А золотой стандарт это немецкие статьи 30-х или американские 50-х. Там всё отлично воспроизводится

[mary-spiri.livejournal.com]

По оценке учёных из Большой Фармы, в настоящее время не воспроизводится примерно 70 процентов опубликованных исследований. Сама индустрия публикует обычно конечные результаты, например, клинических испытаний. Там все данные идут в ФДА и многократно перепроверяются.

[timelets.livejournal.com]

I'm surprised the company chose to invest into Fred's idea despite multiple red flags you mentioned in your earlier post. Although, before Theranos people tended to err on the trust side. After Theranos, a lot of investors got cold feet and the pendulum swung the other way. On the other hand, in a greater scheme of things taking a chance on somebody like Fred, with proper due diligence and clear project milestones, still makes more sense than getting into a purely defensive risk-avoiding posture. Ultimately, it's more expensive to miss out on an honest John than to lose money on a dishonest Fred.

[mary-spiri.livejournal.com]

В случае с Фредом не было нормальной экспертизы, пока нас не наняли. Впрочем, история ещё далеко не вся выложена. Будут скоро ещё посты.

Забавно, что компании постоянно выбрасывают деньги на мошенников и не дают их честным людям. Ибо мошенники обещают быстрый и чудесный результат. А честные люди не в силах врать таким образом.

[autrement-que.livejournal.com]

да, интересно живет биотех :(

[mary-spiri.livejournal.com]

В общем, я и сама была удивлена. А потом на следующей работе долго не могла расслабиться и присматривалась к каждому анализу на предмет соответствия реальности.

[malego.livejournal.com]

а можно объяснение от мужа — почему это не будет работать? мне непонятно, на чём была основана разработка и почему закон ома запрещал её.

[mary-spiri.livejournal.com]

Пожалуйста, прочтите предыдущую главу, она есть по ссылке в начале поста. Там описана суть изобретения. И если вместо ДНК поставить медную проволоку, то даже с ней параметры текущего тока, приводимые Фредом, никак не следовали закону Ома.

[gansgut1.livejournal.com]

С нетерпением жду продолжения.

[mary-spiri.livejournal.com]

Скоро будет, вот домой доедем.

[marmot1980.livejournal.com]

Мы с джипити чатом решили посмотреть как назывались ваши компании. Нынешнюю сразу разгадали, а вот старую вы ловко зашифровали. Вот это не про нее? "The company you are referring to might be [...], based in Seattle, Washington. [...] focused on developing diagnostics for cancer by analyzing the electrical resistance of DNA strands, among other technologies. However, the company ceased operations about three years ago due to financial challenges and a shift in market focus"

[mary-spiri.livejournal.com]

Увы, нет. БиоБио это очень крупная компания с 2-х миллиардным оборотом. Первая половина названия Био, а вторая не био, три буквы. И эмблемка зелененькая. Моя тогдашняя начальница Кэти, вернувшись с совещания в верхах, с юмором рассказывала, что президент, он же сын основателей, жаловался, что цвет эмблемки плохо передается в печати, и это была главная проблема, которая его волновала. И он пол часа рассказывал, как он будет решать проблему эмблемки.