Очередной пост про Ковид

[mary_spiri]

Как вчера сказал наш новый сотрудник: "до чего же надоел Ковид!". И мне, и мне тоже надоел!

Волна Омикрона захлестнула Сиэтл. причем такого разгула стихии раньше не наблюдалось. Кругом сплошные инфекции, на работе, среди друзей и знакомых. К счастью, пока ни одного тяжелого случая, симптомы нетяжелого ОРЗ, либо вообще нет симптомов при положительных тестах. Впрочем, все, кого я в Сиэтле знаю, вакцинированы, да еще и с бустером обычно. Среда у меня научно-биологическая, народ науке доверяет. Обычно когда мои коллеги на работе обмениваются историями, как кто болел, общий рефрен: "Ура, наука работает!".

В наше семейство Омикрон принесла маленькая Кася из детского садика, как мы и ожидали. Она у нас единственная невакцинированная, ибо ей всего 2 годика, вакцина для них не утверждена. Из того, что я слышала, пока не удалось показать эффективность для таких мелких, по крайней мере - для Файзеровской, которую первой испытывали.
Симптомы у Каськи были странные: высокая температура, и больше ничего. Но ПЦР показал позитив. Правда дочка моя не только в носу у Каси поковыряла палочкой для сбора образца, но и в горло залезла (вот небось Каська возмущалась). Плюс в садике у Каси чуть не треть детей оказались позитивны по тестам. Каська температурила два дня, температуру ей сбивали. А на третий все стало нормально. Кашель/насморк/чих так и не появились, вообще ничего, кроме температуры не было. И это называется ОРЗ? Остальное семейство в порядке, хотя мы с Каськой в выходные целовались. С ней невозможно не целоваться, она такая чудесно-тискательная и очень ласковая. Поэтому пока шел инкубационный период, мы с Андрюшей придирчиво следили за симптомами, и паранойя нас одолевала. У обоих немножко болела голова, и пару раз в день мы чихали. И каждый раз друг другу говорили: "Это Ковид начинается..." Однако так и не начался. Похоже, что Модерна - очень эффективная вакцина (тьфу-тьфу), и бустер вовремя сделали. Зато теперь можно малость расслабиться: Каська свой иммунитет заработала, наш - работает, и мы наверняка с вирусом в контакте побывали.

Но есть и плохие новости: муж мой теперь имеет прямое отношение к сельскому хозяству (см пост Рожденственские истории). И в этом самом сельской хозяйстве и пищевой промышленности Ковидом заразились чуть не все поголовно, 3/4 народа по крайней мере. Течение болезни легкое, но Ковид-позитивных нельзя подпускать к работе с продуктами питания. Поэтому они сидят по домам. Фермы и заводы не закрываются, но работают сильно ниже своей обычно мощности, кое-где производительность упала до нуля. Это конечно скоро пройдет. Но в результате сейчас должны случаться перебои, а на их фоне - подорожание. Пойти, что-ли, закупиться в местном магазина на неделю вперед?
Кстати, в Андрюшиной компании вакцинированы все по доброй воле, и вообще в Висконсине вполне приличный уровень вакцинации. Просто Омикрон пробивает. Впрочем период карантина у Омикрона короткий - 5 дней, так что по идее скоро этот бардак должен закончиться.

Другие плохие новости: перевод школ в Сиэтле на онлайн обучение, но вроде как только до конца января. Волна Омикрона уже начала спадать, особенно в штатах, где она началась еще в конце декабря, в Нью-Йорке за последнюю неделю количество новых заражений уменьшилось на 30%. Наш штат пока выходит на плато.

Новые исследования: Модерна пыталась выяснить какой именно титр нейтрализующих антител защищает от пробивных инфекций, когда полностью вакцинированные люди все равно заболевают Ковидом (обычно с симптомами нетяжелого ОРЗ). Очевидно, что хорошо, когда антител много. Показано, что у вакцинированных людей с прорывной инфекцией антител несколько меньше, чем у вакцинированных бессимптомных носителей. Однако никому не удалось показать, с какого титра начинается полная защита, этот показатель крайне индивидуален. Поэтому для ответа на вопрос о степени риска для конкретного вакцинированного человека недостаточно просто мерить антитела. Кстати, то же самое верно и для переболевших: риск новой инфекции зависит от титра антител, но конкретного порога, цифры, гарантирующей полную защиту, никто найти не смог.

Недавно появился обзор в Нейчур о важности Т клеточного ответа, там цитируется в частности статьи из нашей конторы.

https://www.nature.com/articles/d41586-022-00063-0?utm_source=Corporate-Twitter&utm_medium=organic-social&utm_campaign=nature-news-jan-22&utm_content=nature-news

Конкретно о том, что большинство участков вирусных белков, которые вызывают Т клеточный ответ, у Омикрона не изменены. Так что примерно 70% Т клеточного ответа, который вырабатывается на вакцину, будет работать на Омикрон. Что мы в общем и видим по легкости заболевания у вакцинированных. Я имею в виду американские данные с РНКовыми вакцинами. Ну и нашу собственную историю.

Наша контора сейчас пробует измерять степень индивидуального риска, используя силу Т клеточного ответа. В прошлом году наши идентифицировали диагностические наборы Т клеточных рецепторов, причем не только на спайк (шипиковый) белок, но и на остальные вирусные белки. На основе этой работы мы сейчас можем отличить Т клеточный ответ на вакцинацию от ответа на вирусную инфекции. Нынешняя специфичноть составляет 99.8%. А следующий этап - это понять, сколько и в каких дозах рецепторов достаточно для защиты.

Другое важное направление - это начать делать вакцины нового поколения, на куски вируса, которые наиболее хорошо сохраняются у разных штаммов в силу важности для функционирования вируса, и наиболее хорошо вызывают Т клеточный ответ. Такие куски уже индентифицированы, и наши передали данные некой норвежской компании, которая работает над такой вакциной.

В России почему-то бытует мнение, в том числе среди знающих людей, что (а) РНКовые вакцины вызывают только выработку антител, но не запускают Т клеточный ответ, и (б) Т клеточный ответ очень сложно изучать. Первый пункт неверен, наши исследования это давно показали, а что касается второго пункта, то "дорого" не есть синоним "трудно". Наш стандартный метод секвенирования Т-клеточных рецепторов делается легко, с высокой точностью и разрешением, хотя и занимает около 3-4 дней и стоит около $250 с образца. Это конечно сложнее, чем мерить антитела, но зато гораздо точнее, и в перспективе может дать ответ про степень риска. Так что будем работать!

Сразу добавлю: пост для вакцинированных, анти-ваксерам просьба не утруждаться комментировать, отвечать не буду, буду просто убирать.

Comments

[lj-frank-bot.livejournal.com]

Hello!
LiveJournal categorization system detected that your entry belongs to the following categories: Коронавирус (https://www.livejournal.com/category/koronavirus?utm_source=frank_comment), Медицина (https://www.livejournal.com/category/medicina?utm_source=frank_comment).
If you think that this choice was wrong please reply this comment. Your feedback will help us improve system.
Frank,
LJ Team

[mary-spiri.livejournal.com]

Ok

[rider3099.livejournal.com]

Вакцина работает, это факт. Очень надеемся, что скоро начнется спад заболеваемости и у нас в штате

[mary-spiri.livejournal.com]

Да, я думаю, что уже скоро.

[olaff67.livejournal.com]

У жены на работе коворкер слег, а сын ездил на Новый год к другу, который через неделю позвонил и сказал, что у него температура и позитивный тест.
От этих почти одновременных новостей мы с женой тоже почувствовали недомогание на пару дней, но съездили в выходные к океану, и нас отпустило.
Мне страховая прислала оповещение, что могу на бустер записаться, я записался на конец месяца — с детства мне было интересно быть подопытной морской свинкой у врачей. Я им вообще доверяю, по мнению жены — чересчур, так как она их побаивается, и на бустер еще не записалась.

[mary-spiri.livejournal.com]

Мы ещё в начале ноября сделали бустер, все прошло нормально. И похоже сработало на Каськин омикрон.

[v-stranger.livejournal.com]

У меня муж в мясной промышленности работает , вроде они так пока ничего держаться, но их компания очень нажимала на прививки, а вот салат в магазине действительно пропал

[mary-spiri.livejournal.com]

В нашем магазине сейчас вроде все ок. Посмотрим, как дальше пойдет!

[dannallar.livejournal.com]

Спасибо большое. Надеюсь, и эта волна пройдет. И надеюсь, без тяжких последствий.

[mary-spiri.livejournal.com]

Да, мы тоже ждём и надеемся!

[hard-squeeze.livejournal.com]

У меня было с симптомами: сперва в горле что-то першило, небольшой кашель, потом начался насморк и два дня под вечер было не по себе, но температуры не было. При этом в горле болело что-то очень локализовано, с одной стороны, прямо удивительно. ПЦР-тест показал ковид. В общем, за неделю всё прошло. При этом я бустер Модерны сделал на День Благодарения, две первые дозы тоже были Модерны.

[mary-spiri.livejournal.com]

Ну это лёгкое течение. Мы тоже несколько раз чихнули. И башка болела пару дней. Но тест не делали, вроде незачем было.

[algaedo.livejournal.com]

Можно я спрошу: что вы думаете про вакцинацию синофрам+синофарм и бустер китайской вакциной (синофарм или синовак), стоит делать бустер?

[mary-spiri.livejournal.com]

Я живу и работаю в Штатах, про китайские вакцины не читаю, мне это профессионально не нужно. Так что увы, не могу сказать.

[sergei2525.livejournal.com]

У нас при легком течении заболевания тесты не делают — а зачем и так всё ясно?))
Наверно, другой заразы уже и нет.
По крайней мере, я в этом году гриппом и орз не болел, при этом от ковида привит трехкратно. Совпадение??

[mary-spiri.livejournal.com]

Вирус гриппа сильно отличается от Ковида, вакцина от одного не поможет от другого. Всерьез помогают маски, они всегда от гриппа помогали, недаром вся Япония по зиме их носит уже лет 30.
При лёгком течении Ковида есть смысл делать тесты, только когда нет возможности посидеть дома. У нас такая возможность к счастью была.

[juniperberryo-o.livejournal.com]

Очень интересно про клеточный ответ, я вот тоже не очень понимаю эту моду «сначала измерить антитела, а потом решить, вакцинироваться или нет» - если нет порогового уровня, то это может быть полезно разве что для совсем высоких уровней антител, и то с натяжкой.

[mary-spiri.livejournal.com]

Похоже, что уровень антител крайне индивидуален. А если ещё добавить, что тесты все тоже разные, и меряют с разной аккуратностью, то получается слишком много переменных.

[penetrat0r.livejournal.com]

Спасибо, очень интересно.

[mary-spiri.livejournal.com]

Спасибо!

[yushkevich.livejournal.com]

Спасибо, как всегда познавательно

[mary-spiri.livejournal.com]

Спасибо!

[alina eremeeva (from livejournal.com)]

И снова не могу не поблагодарить! Огромное спасибо за такие обзоры по Kовиду!
Вы помогли мне, например, определиться с выбором бустера. Наша семья первично вакцинировалась J&J, и я сомневалась, чем же "догоняться" :) Сделали в итоге Модерну.
Мы с мужем сейчас в Пуэрто-Рико. У них высокий процент вакцинированных и до недавнего времени ситуация была очень хорошая, мы отслеживали :) И вот прямо перед тем, как нам вылетать, статистика рванула резко вверх, явно омикрон добрался. Они грешат на какое-то массовое меропиятие на открытом воздухе. Я не вникала, но, наверное, новогодний концерт какой-нибудь был. Сразу же ввели ограничительные меры по всем фронтам и тесты для всех прибывающих. Мы за два дня перед вылетом делали. Тест отрицательный. Посмотрим, что будет дальше.
Ваша Кася лапочка! Не могу не улыбнуться, когда вижу её фотки :)

[mary-spiri.livejournal.com]

Спасибо большое, очень приятно знать, что мои опусы кому-нибудь помогают хоть как-то.
А Каська ужасно забавное существо. Сейчас у неё любимое слово Ги-ми-ми, обозначает give me. Теперь вся семья просит за столом соус передать, говоря Ги-ми-ми.

[moscow-i-ya.livejournal.com]

Спасибо! А можно пару вопросов? Первый: сколько времени по современным данным действует бустер? Читала про 2-3 месяца, а у меня третья прививка (Спутник-Лайт) - в начале октября была. Что-то мне четвертую делать не хочется. И второе. Сколько у омикрона инкубационный период? К примеру, у меня была ковидоопасная ситуация в прошлую среду, сегодня вторник, я могу выдохнуть по поводу той ситуации?

[mary-spiri.livejournal.com]

Пишут, что инкубационный период Омикрона 3-5 дней. Дочь моя нас к внучкам не подпускала 7 дней на всякий случай. На работе заставляют делать тесты в течение 5 дней после контакта.
Бустер разных вакцин видимо действует разное время. По данным нашей конторы, Т клеточный иммунитет сохраняется до 10 месяцев (дольше не тестировали). Хороший Т клеточный иммунитет обозначает однако не отсутствие болезни, а ее лёгкую форму. Типа нейтрализующие антитела как первая линия, а потом уже остальное.
Титр антител достигает пика через 4-6 недель, а потом начинает потихоньку падать. Тут уже что бустер, что прививка, динамика одинаковая. Но мне кажется, что 5-6 месяцев это минимум для бустера. Мы делали в начале ноября, и пока не собираемся.
Со Спутником ситуация несколько сложнее, система доставки там аденовирусный вектор. На него тоже вырабатывается иммунитет. Правда более короткоживущий, месяца на 2-3. Но все равно это означает, что если делать с короткими интервалами, то проку мало, иммунитет будет реагировать на вектор и уничтожать вакцину.

[gsm-sms.livejournal.com]

Что-то я не понял про ваш стандартный метод секвенирования Т-клеточных рецепторов. Это вы белки секвенируете? Или соответствующую им mRNA? Заранее спасибо :)

[mary-spiri.livejournal.com]

РНК можно секвенировать тоже, но наш основной путь это секвенирование геномной ДНК. Уникальные рецепторы В и Т лимфоцитов возникают в результате перестройки соответствующих генов, примерно как карточные комбинации при перетасовке колоды и сдаче. Там вокруг перестроенного участка есть и сохраненные участки, из которых можно сделать праймеры для ПЦР. Ну а дальше амплификация и секвенирование.

[marinta.livejournal.com]

Спасибо большое за рассказ "изнутри"!
Изнутри научной темы и личного-семейного опыта.
Я привилась эпивак-короной в мае-июне 2021. В ноябре в автобусе на меня чихнула кондуртор) Она не виновата, так получилось) Я подавала проездной на проверку, а ее одолел хих. В тот же день (вторник)к позднему вечеру, я уже призаснула даже, в горле появилась слизь, довольно много. Ничего не болело. Я отхаркнулась) В среду были слабые признаки ОРЗ. Полоскала горло. Вроде полегчало. Работаю в лаб неподалеку от дома, народу немного. В ночь на субботу сильно заболело горло. Прямо посреди ночи. Спросонья съела бисептол (он мне всегда помогает, пью курс 5 дней). К утру полегчало, из лаб провела занятие он-лайн — 2 пары. А в воскресенье утром обнаружила, что у чеснока, оторый я резала в суп, нет запаха... К середине дня Т 38,4С. И стало не до дел. Легла, чую разболеваюсь. Дочь испугалась и привезла мне ареплевир. Ей посоветовал знакомый доктор, который так лечил и свою маму. Не знаю, правильно ли я себя вела. Редкое самолечение после первых симптомов пока оправдывало себя. Лет 20 у меня нет больничных по ОРЗ. Или больше. А вот правильно ли было есть ареплевир... Не знаю. На больничном была две недели. Ареплевир пропила, как в инструкции написано. Кашель ушел дней через 10. Слабость дежалась еще неделю после больничного. Ну, и на больничном приходилось работать он-лайн с дивана. Иначе бы накопилось всего гораздо больше, чем накопилось)
Эпивак-короны выбрала из соображений, что пока о прививках известно было мало. Спутник надежнее. Эпивак привезли в клинику при СПбГУ, это вызывало доверие. Да, тест на корону я сдала через первые две ударные дозы ареплевира. К вечеру понедельника. Был отрицательный. Не поверила, в пятницу сделала платный. И тоже отрицательный.
Рассказала подробно, вдруг Вам интересно как специалисту)

[mary-spiri.livejournal.com]

Спасибо за рассказ. Не знаю, что такое ареплевир, но это неважно. В Штатах работающих лекарств два, молнупиравир и паксловид, первый сильно слабее второго. Купить самим нельзя, они закупаются госпиталями по квотам, ибо не хватает. Лечат ими только людей с повышенным риском. Мы к таким не относимся, тьфу-тьфу.

Каську лечили жаропонижающим (ацетаминофеном), и все. Дочка моя работает в области клинических испытаний и очень плохо воспринимает всяческие непроверенные средства. Вообще антивирусные препараты могут иметь побочки, особенно у мелких детишек.

Мы все свои ОРЗ имеем от внучек, впрочем с годами мы все местные инфекции уже поимели, и болеть перестали. Старшая в год-два носила болячки раз в месяц. После двух лет болеет она раз в 2-3 года и легко. Иммунная система закалилась, как сталь. А младшая как раз завершает процесс и пока ещё болеет периодически. Но реакция на омикрон у нее была хорошая. Температура это запуск врождённого иммунитета, а отсутствие симптомов ОРЗ показывает, что вирус был быстро задавлен.

[notabler.livejournal.com]

Судя по британскому развитию омикрона — от всплеска в миллион заражений в день до вчерашних 80 тыс, мы уверенно шагаем к коллективному иммунитету, благо антиваксеров тут мало, почти 70% получили бустер, и все выглядит розово сегодня. Вы по части омикрона слегка отстаете, так что и у вас скоро пойдет резкий спад, надеюсь

[mary-spiri.livejournal.com]

Спасибо, у нас уже пошел спад на восточном побережье. В нашей стороне все позже началось. Но идёт туда же. Хотя уровень по бустерам сильно ниже, но кругом все болеют легко.

[zhuchekol.livejournal.com]

Добрый день.
Делали с женой Спутик два компонента в июле, потом в Италии поставили бустер Файзера в конце ноября. Рождество, после бурной тусовки, народ стал выпадать из коллектива. Тесты подтверждали ковид. Из симптомов насморк и невысокая температура. Все привиты. У нас в семье так же обильный насморк в течении 3-4х дней. Ребенок 4года насморк ровно сутки. Но мы даже тест не сделали в итоге.
Первый ковид был в конце 20-го и это был ужас. Без больнички, но дико неприятно...
Прививка работает, алилуя!! )))

[mary-spiri.livejournal.com]

Да, именно так, прививка работает! Мы к счастью до вакцинации не болели. А теперь после Каськиного опыта с Омикроном, особо не боимся. Иммунитет приобретен и функционирует!

[waryag72.livejournal.com]

Пока думал, стоит ли записываться на бустер в разгар волны (как раз разрешили) — заболел. Вроде легко, но сижу дома, жду анализ. Очередь в поликлинике огромная, хорошо, хоть кашель у немногих.

[mary-spiri.livejournal.com]

У нас сейчас тоже очереди, мы очень рады, что успели на бустер до Омикрона. Очереди у нас правда виртуальные, надо поймать свободное окошко по интернету. Колют в основном по аптекам.
Кстати, раз вы болеете, то бустер уже не нужен. Скорейшего выздоровления!

[mb-b.livejournal.com]

Идиотская бюрократия достаёт. Вот, к примеру, у нас теперь обязательно каждый день для допуска к работе заполнять вопросник на Интернете. Недавно они там изменили формат, и первый вопрос, на который надо было ответить, выглядел так (ответ да или нет):

Have you had COVID in the last 14 days, been fever-free for at least 24 hours, and are now asymptomatic and/or have resolving symptoms? *

Т.е. у айтишника, который это сочинил и выпустил в свет, явные нелады с логикой. Через пару дней (слава богу!) дополнили следующим:

Can you answer YES to all of the above questions? (If not, select no and proceed with standard survey) * — и дальше ещё с дюжину вопросов.

Теперь стало понятно, откуда ноги растут: они этим пытаются как можно раньше выгнать больных ковидом обратно на работу, ибо иначе работать становится некому. Причём всем очевидно, что отвечать надо как в советских анкетах: нет, не был, не состоял, не привлекался, не участвовал. (Если ты действительно болен и на работу в этот день не идёшь, то и вопросник ведь заполнять не надо. А когда выздоровел, всё равно надо отвечать "нет", иначе себе дороже — затаскают по тестам, от которых всё равно пользы никакой.)

[1000011100.livejournal.com]

Я вам как айтишник скажу: как раз для айтишника с логикой здесь всё в порядке: использование в логическом выражении операции конъюнкции (то есть A & B & C) строго означает, что для того, чтобы выражение целиком было истинным, должны быть истинными все его части. С точки зрения компьютерной логики других вариантов просто не может быть. Но живому человеку (тем более далекому от математики), конечно, надо было сразу разжевать, потому как понимает каждый всегда "в меру своей испорченности".
Ну и плюс непонятно, как авторы этого опросника собирались разделять тех, кто не имел ковида в последние 14 дней от тех, у кого он есть сейчас, с лихорадкой и симптомами — ведь обе эти категории ответили бы "Нет" на составной вопрос. Но, возможно, такой цели здесь не ставилось изначально — может быть, например, что этим вопросом как-то отфильтровывали свежепереболевших.

[iv-an-ru.livejournal.com]

> Ковид-позитивных нельзя подпускать к работе с продуктами питания

Интересно, почему? Поначалу же так радовались, что по пищевой цепочке не передаётся. Боятся передать не через саму еду, а через упаковку?

[a-konst.livejournal.com]

А что, ковид-позитивные у нас идут В еду????
Или "по пищевой цепочке" вы имели ввиду что-то нестандартное?
Если какая-то зараза может передаться через упаковку, то тем более может и через еду (ведь ее не только едят, но и трогают руками).

[r00kie.livejournal.com]

а как вы могли бы объяснить механизм возникновения Т-клеточного ответа после мРНК-овой вакцины?

[mary-spiri.livejournal.com]

Да. мРНК попадает внутрь клеток, считается, что это мышечные клетки в месте укола, плюс бродячие дендритные клетки иммунной системы. Освободившись от липидных оболочек, РНК связывается с рибосомами и служит матрицей для биосинтеза белка, причем так как ее много, то и синтез мощный. Фрагменты получившегося белка презентуются на поверхности клетки через соответствующую систему (как и фрагменты вирусных белков при инфекции). Презентация антигена запускает обе ветки приобретенного иммунного ответа, В клеточную (антитела) и Т клеточную. Все это в общем не сильно отличается от вирусной инфекции.

[mary-spiri.livejournal.com]

Это вопрос ответственности, вплоть до уголовной. Проще не допускать, чем потом пытаться расхлебать. И это скорее хорошо.

[irviktoretti.livejournal.com]

Спасибо за информацию. А у нас хорошая соседка на следующий день после бустера Пфайзером слегла с бронхитом, у нее определили Ковид, госпитализировали, три дня лечили от дельты, потом определили что омикрон, и через две недели ее не стало, завтра похороны, царствие ей Небесное. А до того она хорошо себя чувствовала, несмотря на 82 и пролеченный рак.

[mary-spiri.livejournal.com]

Очень жаль! Бустер требует времени на реакцию иммунитета, по крайней мере - одной недели, лучше двух. А пролеченный рак, к сожалению, означает сильно убитую иммунную систему. Ибо лечение убивает быстро размножающиеся клетки, а иммунные как раз быстро размножаются. Так что это классическая группа риска, может могли бы помочь лекарства типа моноклональных антител в первые три дня. Но видимо не помогли.

[right-to-cry.livejournal.com]

Симптомы у Каськи были странные: высокая температура, и больше ничего.
Почему странные? У меня ребенок немного младше так же болела, только температура. У меня и температуры не было, просто ломало.

[mary-spiri.livejournal.com]

Да, конечно, но всё-таки от ОРЗ ждёшь хотя бы соплей.

[vakhnenko.livejournal.com]

Спасибо, интересно!

Я пару недель назад съездил в Египет. На маски там всем плевать, на социальное дистанцирование тоже. Я перед поездкой сделал бустер, и в особо стремных местах надевал респиратор N95 — но всё равно, аж удивился, когда у меня негативные тесты были перед полетом назад, думал тчоно подхвачу омикрон. Так что спасибо бустеру, моей имунной системе, ну и навыкам которые мне дала BSL-3 :)

[mary-spiri.livejournal.com]

Да, мы все в какой-то момент застремались, наслышавшись про прорывные инфекции. Но даже с ними - вероятность раза в три ниже. Так что шансы не подхватить оказались вполне хороши.