Вирусные новости

[mary_spiri]

1. Общий бардак с началом вакцинациий в нашем штате пока продолжается. Дочка первая вакцинировалась через госпиталь, где она работает менеджером по клиническим испытаниям. Идет первая фаза, когда вакцинируют группы риска и жизненно важных работников. При этом к жизненно важным кого только не относят. К счастью, и наша контора туда пробилась, в общем, наши делают медицинские тесты, в том числе на рак и Ковид. В результате попадания в нужный список, нам официально сообщили, что на соответствующем портале штата Вашингтон мы теперь можем сами себя сертифицировать, как подлежащих немедленной вакцинации. Заодно нам прозрачно намекнули, что своих родных тоже неплохо бы вакцинировать таким же образом. И все бы хорошо, сертифицировать себя нетрудно, три клика мышкой. Но потом встает задача, где найти прививку. Ибо все имеющиеся окошки в расписании госпиталей давно заняты другими желающими. К счастью, мне удалось найти недавно развернутую временную станцию по вакцинации прямо около дома, в новом аэропорту Пейн Филд. Оказалось все очень классно организовано. Приезжаешь, проверяют водительские права, и быстро колют в руку, даже из машины выходить не надо, все под открытым небом. Поток машин очень эффективно направляют, куча народу дежурит на проверке, все очень быстро, полчаса - и готово. Пока мы все поимели Модерну. Теперь через месяц нас ждет вторая доза.

2. Насколько эффективна одна доза РНКовой вакцины? В начале вакцинации большинство людей имеет одну дозу. Иммунитет доходит до рабочего состояния через 6-10 дней после прививки. Нарастание иммунного ответа идет первые три недели. По израильским данным о Файзеровской вакцине, через 2-3 недели после первой инъекции эффективность составляет около 50%. Данные предварительные, будут уточняться. А заявленная эффективность в 95% достигается примерно через две недели после второй дозы. В случае Модерны эффективность первой дозы через две недели после укола оценивается как 80%, данные столь же предварительны и неточны. Из хорошего - через две недели после первой дозы ни у кого из все-таки заболевших Ковидом не наблюдались тяжелые симптомы. Вывод - можно меньше дергаться, но надо носить маску.

3. Очень достают многочисленные статьи журналистов про мутации Ковида из серии "Мы все умрем". Если подумать, то все не так страшно, как пишут. Существуют участки вирусных белков, которые абсолютно необходимы для инфицирования и размножения вируса. Мутации в этих участках приводят к потере эффективности за счет естественной выбраковки мутантов, поэтому такие участки одинаковы у всех вирусов. Так называемые "консервативные" участки встречаются и на поверхностных белках, на том самом шипике, который используют для вакцин. И на них при вакцинации вырабатывается иммунный ответ. Вовсе не обязательно, чтобы вирус был на 100% идентичен вакцине. Иммунный ответ вырабатывается не на целое, а на части. Минимальная единица иммунного ответа называется "эпитоп", и он обычно состоит из 5-6 аминокислот. А например тот самый шипиковый белок состоит из >1200 аминокислот, то есть минимум 200 эпитопов. Даже если есть мутации в некоторой части, то вполне достаточно сохранения остальных эпитопов. Именно поэтому производители вакцин обычно отвечают, что их вакцины будут работать несмотря на мутации.

Правда, есть данные про новый штамм из Южной Африки, у которого в шипиковом белке две мутации. Этот штамм тестировали с антителами от переболевших, и оказалось, что в половине случаев антитела против вируса не работали. Причем неработающие антитела встречались у тех, кто болел легко. Объяснение простое - у тех, кто легко болел, вирус слабо размножался, и антитела вырабатывались только на ограниченный набор эпитопов. Следующий этап будет тестирование нового штамма с антителами от вакцинированных. Там неплохи шансы, что работать антитела будут, показано, что титры антител у вакцинированных выше, чем у переболевших. Посмотрим, что будут по этому поводу дальше писать. И не будем забывать про Т-клеточный ответ, который может выглядеть иначе и сильнее, чем антитела. Бояться пока стоит подождать.

4. Другой частый случай журналистских страшилок это цифры о сотнях мутаций. Геном у вируса состоит из 30 тысяч нуклеотидов. Для того, чтобы геном прочесть, его надо выделить из образца пациента. Делается это за счет умножения генетического материала, обычно с помощью ПЦР и фермента ДНК полимераза. Все умножительные ферменты делают ошибки, у некоторых, наиболее распространенных, ошибки лепятся в 1 случае на 200 нуклеотидов. Итого на геном из 30 000 будет сделано 150 ошибок, которые будут выглядеть как мутации. А есть и еще процесс чтения генома, так называемое секвенирование. Которое тоже делается с помощью ДНК полимеразы (секвенирование в процессе синтеза). И у которого ошибок еще больше – 1%. Вопрос в том, как отличить ошибки эксперимента от мутаций? Обычно по их встречаемости у разных больных. И тут важен критерий этой самой встречаемости, сколько надо больных, чтобы проверить, естествення мутация или ошибка при прочтении. К сожалению, у меня нет времени все статьи читать. Но я не верю, что журналистские страшилки про сотни и тысячи мутаций основаны на научной проверке статей. А знающие люди, которые всерьез этой наукой занимаются, говорят, что вирус на удивление мало мутирует. Правда, они же говорят, что сейчас, когда в популяции появляется иммунитет (за счет вакцинаций и заражений), у вирусов появляется стимул к накоплению мутаций (движущий отбор для избегания иммунитета), Так что могут появиться супер-варианты. Плюс отбор на инфекционность, чтобы побыстрее заразить всех, кто еще не имеет иммунитета. Якобы это уже пошло. Но то, что я видела, пока неубедительно - варианты есть, но пока не супер.

5. Наша контора занялась выяснением отличий между иммунитетом, полученным в результате инфекции, и иммунитетом, полученным при вакцинации. Помогает, что у наших уже есть данные (и даже публикация) о естественном иммунитете, так что остается искусственный. А сейчас как раз пошли вакцинации в г. Сиэтле. У наших сотрудничество с большой фирмой по переливанию крови и "кровавой работе" (“Bloodworks”), а у тех - куча давно прикормленых доноров, которые бегут сдавать кровь за деньги, как только их пригласят. Причем нашей конторе нужны иммунные клетки, а это проще, чем сдача цельной крови. Ибо для забора иммунных клеток кровь донора гонят по внешнему контуру, в процессе отсортировывая то, что надо, а остальное возвращая обратно в вену. Так что такую процедуру можно делать часто и без вреда для донора (мы берем всего с десяток милионов клеток). А учитывая, что донор за процедуру получает несколько сотен долларов, они готовы бежать наперегонки по свистку. Есть и другой вариант, многие из наших, включая мою начальницу, сдают клетки бесплатно для пользы науки. Может и я пойду, послужу обществу. Так что образцы, показывающие выработку имунитета при вакцинации скоро появятся. К сожалению, вакцинный проект будет не мой, мой тоже будет по Ковиду, но по диагностике.

Добавление: появились данные, что искусственный иммунитет, полученный от вакцинации, вполне даёт защиту от нового Ю Африканского штамма. Антитела из крови вакцинированных нейтрализуют вирус. И это радует.

Добавление номер 2. Как мне правильно указали специалисты, уровень ошибок у ДНК полимеразы на нынешнем этапе гораздо меньше. Не 1:200, а 2 х 10-4. То есть на 30 тысяч нуклеотидов генома это будет всего 6 ошибок. Но это в одном геноме от одного пациента. Если зараз делать много образцов, а потом ещё их секвенировать, то экспериментальных ошибок будет все же совсем немало.

Comments

[lj-frank-bot.livejournal.com]

Hello!
LiveJournal categorization system detected that your entry belongs to the following categories: Коронавирус (https://www.livejournal.com/category/koronavirus?utm_source=frank_comment), Медицина (https://www.livejournal.com/category/medicina?utm_source=frank_comment), Наука (https://www.livejournal.com/category/nauka?utm_source=frank_comment).
If you think that this choice was wrong please reply this comment. Your feedback will help us improve system.
Frank,
LJ Team

[mary-spiri.livejournal.com]

OK

[notabler.livejournal.com]

как вы замечательно все объяснили. А то я выплеснула свои страшилки в журнал, перепугала людей без всякого умысла, по чистой глупости. Так что я лучше ваш пост перепощу, пусть почитают, кто поумнее. Кстати, сегодня френды из Израиля доложили, что в 20 раз больше антител у вакцинированных, чем у переболевших, отличная новость. Сегодня мой муж получил первую порцию Пфайзера. Городок небольшой, так что сделали в бывшем хосписе, на входе поставили палатку такую, стулья и нагреватель, сестра принимает, объясняет, направляет, приветливая. Группа "старше 80" прививалась, так что не слишком легко им было - народ на креслах, циммер-фреймах, все с сопровождающими разными, заняла процедура примерно час у моего мужа. Там им велели посидеть четверть часа, пересаживали, переписывали, предупреждали, выдавали инструкцию с пояснениями и предупреждениями на двух листах с двух сторон. Так что я замерзла его ждать, но порадовалась - мой самый бодрый и красивый в этой толпе, половина которой выглядела "за 100", но бодро усаживались за руль и никто ни на кого не наезжал))) Я в следующей группе - за 70, а всего групп вроде 11, по 5 лет шаг возраста и в серединке все особенные с underline conditions в возрасте от 16 до 64. Список кончается на возрасте 50. И утверждают, что британские ученые посчитали, что это покроет 99% морталитиз. Их бы слова да богу в уши, новый вариант серьезно затронул молодых.

[mary-spiri.livejournal.com]

Ужасно за вас рада. Я ведь своего мужа под шумок с собой пропихнула, просто потому, что группа риска. Прикрываясь советом вакцинировать родных, вместо тут роднее. Желаю и вам поскорее пройти первую вакцинацию.

[rider3099.livejournal.com]

Вакцина работает, это отлично!
Мы ждём своей очереди.

[mary-spiri.livejournal.com]

Может есть смысл подсуетиться? Особенно если есть болезни из группы риска. При любом раскладе, желаю и тебе и Сергею поскорей уколоться!

[rider3099.livejournal.com]

Я изучала вопрос, пока не вижу лазейки, чтобы пораньше уколоться. Но ничего, подождем )

[agasfer.livejournal.com]

Как говорил Райкин в одном из номеров, Не надо тахаписса!

Страны, в которых карантин дал удачные результаты, вроде Австралии с НЗ, Японии, Ю Кореи и проч колоть население не торопятся. Они хотят сначала посмотреть, какая вакцина сколько побочек даст, потом выбрать, что получше. А то внезапно выяснилось, что в США после уколов Файзера и Модерны уже умерли 55 чел, да в Норвегии 23...

[rider3099.livejournal.com]

Ого! Это об умерших.

[mary-spiri.livejournal.com]

От противогриппозной вакцины народ тоже умирает, один на миллион. От Ковида умирают сильно чаще. Математика получается довольно простой.

[rider3099.livejournal.com]

Мы от гриппа каждый год делаем

[mary-spiri.livejournal.com]

Дело хозяйское. Мы лучше поторопимся. Нам так спокойней жить. Нам на Гавайи скоро лететь. А карантин в Штатах работает плохо. В таких условиях ждать вредно.

[agasfer.livejournal.com]

Ну пока вы полетите, условия приема туристов на Гаваях еще пару раз поменять успеют.

[mary-spiri.livejournal.com]

Мы в феврале летим, будем тест делать. Правила тут не при чем, мне лететь комфортнее, зная, что одна доза уже есть

[tyx.livejournal.com]

На сколько там миллионов вакцинированных эти 55?
Вероятность подавиться огурцом примерно на этом уровне.
Срочно разворачиваем компанию за запрет огурцов.

[mary-spiri.livejournal.com]

Там ещё желательно подтвердить, что смерти связаны с вакцинацией. Чем вроде как сейчас и занимаются.

[tyx.livejournal.com]

Да, но даже если считать, что это всё из-за вакцины (что сомнительно) - всё равно смешные цифры.

[mary-spiri.livejournal.com]

Да, просто каждый представляет себя на месте этих людей. А статистически это конечно мало.

[agasfer.livejournal.com]

Я выше написал, на сколько. Однако, если есть возможность выбрать между 55 и 0, я выберу 0.

[tyx.livejournal.com]

Т.е. от огурцов уже отказались, понятно.

[agasfer.livejournal.com]

Не, зачем? Я в обчем не собираюсь тратить свое драгоценное время, доказывая первому встречному в энторнете, какой я безумно храбрый человек. Однако, смерть от укола вакциной мне представляется чудовищно глупой. Есть множество способов убить себя более достойным образом, в том числе, и подавившись огурцом.

[mary-spiri.livejournal.com]

Выбор не является дихотомическим, а ноль - простым нулем.

[agasfer.livejournal.com]

Хорошо, тогда назовите вашу цифру. Если 55 (т е 4.6 на миллион, округлим до 5 для простоты) слишком мало, то сколько же вы сочтете неприемлемым? 50? 500? 5,000?...

Чтобы облегчить вам работу, если IFR для Ковида около 1%, то какая VFR (Vaccine Fatality Rate) будет для вас приемлемой? 0.1%? 0.01%?..

[mary-spiri.livejournal.com]

Послушайте, давайте не будем доводить до абсурда старый аргумент про одну слезу ребенка? Это и без нас уже делается журналистами.

Один на миллион это уровень смертей от протигриппозной вакцинации. Которая происходит каждый год, и лично я уже лет десять прививаюсь.

С прививкой от Ковида большинство плохих реакций были связаны с полиэтиленгликоль. Который входит в состав довольно большого количества разных лекарств. Пока я не встречала данных о реакции собственно на РНК. Этот тип биомолекул сам по себе не иммуногенен.

[agasfer.livejournal.com]

1. Это не абсурд, а конкретика. Если вы объявляете какую-то цифру "низкой" (высокой, заниженной, завышенной и т п), вы должны знать правильную цифру и уметь ее обосновывать, иначе ваша оценка выглядит если и не чисто эмоциональной, то как минимум голословной.

2. Я от гриппа не прививаюсь и не болею им никогда. Что не означает, что я 100% простудоустойчивый, но если у меня случается простуда, это никогда не диагностируется, как грипп.

3. Это меня сильно удивляет. ПЭГ, это для иммунной системы молекула-невидимка, голый, однообразный полимер, там зацепиться не за что. РНК наоборот, вызывает сильный ответ первичной иммунной системы. Да, конечно, это должна быть дсРНК, но в любой гетерогенной РНК всегда полно дс участков.

[mary-spiri.livejournal.com]

Правильная цифра меняется в зависимости от заболевания и его несмертельных последствий. И в зависимости от нашей ментальности. Я не специалист в этой области, профессиональных рекомендаций не даю. А решения для себя принимаю на основе личного же опыта. Так что моя оценка и эмоциональна, и голословна. И пусть.

Мы очень много болели, когда старшая внучка пошла в детский сад, так как много времени с ней проводили. До того я даже не знала, что могу так болеть, ибо до того простужалась раз в 5 лет. Зато когда мы за год другой перебрали все болячки, то вместе с внучкой болеть перестали от слова совсем.

Прививки от гриппа мне жить не мешают, и есть эмоциональная ит голословная надежда, что помогают. И довольно много научных публикаций, которые свидетельствуют об эффективности, хотя и ограниченной.

РНК в клетках плохо существует в голом виде, поэтому в вакцине она наверняка хорошо повязана и находится в СС форме скорее всего, ибо хотят ее направить сразу в трансляцию. Для неповязанной РНК в клетках существует по крайней мере один механизм быстрой деградации.

ПЭГ меня тоже очень удивил. Но так пишут. Если найдете что-нибудь ещё, то пожалуйста поделитесь.

[agasfer.livejournal.com]

Там проблема в том, что в плазме нашей крови примерно 150 мМ К+ и 0.5 мМ Mg2+; это еще без кальция с натрием. При такой высокой концентрации соли в РНК в шпильки свернется всё, что может свернуться и разве что какой-нибудь poly(A) может оставаться идеально СС. Конечно, расчитать шпильки и подогнать первичную последовательность, варьируя кодоны, не проблема, но на 100% избавиться от шпилек невозможно.

Про аллергическую реакцию на ПЭГ находятся сообщения, напр вот это. Однако, как там отмечают, случаи аллергии на низкомолекулярный ПЭГ 2000, который используется в РНК вакцинах, не были описаны.

[mary-spiri.livejournal.com]

РНК в живой природе всегда связана с белками. Начиная с момента синтеза при транскрипции, белки вяжутся сразу, иначе тут же развал. Я год ходила на семинару группы, которая всем этим занималась. Шпильки в РНК конечно есть, но они минимально экспонированы. Мне как раз очень бы было интересно понять, как и с кем в этой вакцине РНК связана, но кто ж расскажет.
Аллергия на ПЭГ мне очень странна. Может на него валят на всякий случай.

[agasfer.livejournal.com]

Ну я не то, чтобы год ходил, а довольно много с РНК работал; в частности, наблюдал и как она валится и от чего. Поэтому, сам факт того, что вирус с РНК в 28К существует, мне представляется чудом. В случае вируса, РНК спасают от развала белки, как вы и предположили. Плюс, вирусная РНК отселектирована, в ней нет "горячих точек" для развала. Однако, РНК в вакцинах, это очищенная РНК, полученная транскрипцией ин витро с Т7 полимеразой, после чего ей еще делают 5'-кэппинг. "Пакуют" эту РНК не в белки а в нанолипидные частицы, т е при перемешивании добавляют спиртовой р-р липидов к РНК, что дает эмульсию. Вполне возможно, что липиды дают защиту от РНКазы в крови, но дальше не знаю.

Я про шпильки писал т к они могут индуцировать интерферон, чего разработчики вакцин старались избежать. Но кто знает, наскольо им это удалось.

[mary-spiri.livejournal.com]

Спасибо большое, это все очень интересно. Белки наверно в вакцину не добавляют, сие опасно. Но должно быть какое-то ноу-хау.

[mary-spiri.livejournal.com]

Ну может будет ещё. Вроде начиная с февраля должно быть лучше.

[rider3099.livejournal.com]

Буду следить

[agasfer.livejournal.com]

По 1-му пункту, позавчера Коллинз на НПР все валил на бардак на местах. Он такие цифры назвал: распределено 31 млн доз, но хотя колятся в среднем 900 тыс в день, пока укололось только 12 млн.

[mary-spiri.livejournal.com]

Бардак есть, но к счастью не везде. Это место около нас просто потрясающее по эффективности и удобству. Я его на работе народу рекомендую.

[zinet-zel.livejournal.com]

Благодарю, Маша, за информацию.
Я для себя все же решила подождать, сколько обстоятельства позволят , согласившись с австралийцами, новозеландцами и южнокорейцами. ;-) Будет все же обидно умереть от осложнений после вакцины при наличии возможности уберечь себя от ковида, просто сидя дома и занимаясь физнагрузками вдалеке от людей. А обстоятельства пенсионерам все же позволяют и ограничивать свои контакты и передвижения, и следить за личной гигиеной и пр. Работающим и активно коммуницирующим деваться некуда - надо прививаться.
Маш, в Сети еще пишут про случаи анафилаксии после прививки. Т.е. если я, к примеру, аллергик, то вообще надо сто раз подумать прежде чем делать прививку?

[mary-spiri.livejournal.com]

Анафилактический шок встречается нечасто даже среди аллергиков. Крайне редкое явление. И это быстрая реакция, наступающая через минуты после встречи с триггером. После вакцинации у нас всех заставляют 15 минут ждать в машине, чтоб если что вытащить из анафилактического шока. От него есть простое, дешевое и прекрасно работающее лекарство в шприце. Главное не пропустить. Но уже через 15 минут можно отпускать, если не случился, то не случится.
У австралийцев и новозеландцев есть возможность ждать, у них в популяции карантин сработал, и вируса почти нет. У нас не та ситуация, вируса кругом полно, заболеваемость растет. Поэтому личные шансы у каждого увеличиваются. И мне это не нравится. Но мы свой выбор сделали. Уже почти сутки, рука слегка болит, у меня на последнюю прививку от гриппа была сильнее реакция.

[agasfer.livejournal.com]

"Будет все же обидно умереть от осложнений после вакцины"

Воистину! Я примерно это же написал выше, после чего обнаружил ваш коммент.

[mary-spiri.livejournal.com]

Умирать вообще обидно, как мне сказал папа после 10 лет успешной борьбы с раком.

[alexash-v.livejournal.com]

Поздравляю всё семейство и спасибо за информацию. Сама записалась на 27-е - наш Спутник, выбор без выбора, но вчера, не глядя, вскочила на край табуретки и сверзилась с с последствиями для голеностопа и колена. Пока еле ползаю по квартире и раздумываю не перенести ли дату.

[mary-spiri.livejournal.com]

Если потом придется идти по поводу колена к врачу, то наверно лучше перед тем вакцинироваться? Чтобы в процессе не подцепить. Хуже колену от прививки вряд ли будет... Очень вас жалко, выздоравливайте!

[allena5555.livejournal.com]

Маша, поздравляю вас с прививкой. Все же спокойнее жить будет, да и путешествовать, а то уже сил нет дома сидеть. Весна приближается! Дай вам Бог сильнейшего иммунитета и прекрасного самочувствия. Читаю тебя регулярно, как будто с вами по горам хожу... Я тоже поставила первый укол. Жду второй. И мечтаю улететь на море ......

[mary-spiri.livejournal.com]

Спасибо большое! Все мы засиделись, хочется новых поездок, очень надеюсь, что у нас всех это будет! Будь здорова, и пусть все будет так, как хочется.