О чем говорят биологи, ожидающие пандемии коронавируса

[mary_spiri]

СМИ нам сообщают, что Апокалипсис вроде как к нам в Сиэтл уже пришел, но с нашей кочки зрения это пока незаметно. Правда в магазинах почти не осталось туалетной бумаги и консервов. Зачем покупают консервы - вроде понятно, на случай, если вся нормальная еда закончится, а магазины закроют. У меня на этот случай есть походная сухожрачка, "просто добавь воды", а если не понадобится, то потом можно в поход взять. Исчазновение туалетной бумаги - это загадка, как мне кажется, люди надеятся ежели чего делать из нее себе маски. И использовать вместо полотенец, чтобы все кругом протирать. Исчезли и всяческие санитайзеры для рук. Что для нас, лабораторных крыс, проблемой не является, так как они в изобилии есть у нас в лабах, а на худой конец, есть и начальные ингредиенты - этанол и изопропанол. Многие мои коллеги даже предпочитают сами себе сделать прыскалку со смесью. Ибо коммерческие санитайзеры содержат добавки, какой-нибудь экстракт алоэ для поддержания водного баланса кожи. А наши считают, что это только усилит выживание вируса на коже. Я постоянно себя сдерживаю, чтобы не предложить бороться с вирусом напалмом. Его тоже несложно сделать у себя в лаборатории, а кожи потом вовсе не останется. И вирус заботить перестанет.

Каждое утро начинается с пожеланий здоровья и аккуратных расспросов: как вы себя чувствуете? Хорошо? А вы уверены? Я тоже хорошо, совсем хорошо, спасибо, не болею. У нас большой общий офис на 50 человек. Когда в одном углу чихают, по всему офису прокатывается волна: "Будь здоров". А чихнувший долго извиняется. Видимо боится, что могут линчевать. Лучше не чихать, а вот кашель пока еще сильной реакции в людях не вызывает. Видимо потому, что разлет капель мокроты при кашле сильно меньше, чем при чихе, а мы сидим друг от друга в метре, надеемся, что не достанет.

Мой сосед по работе Джо все кругом протирает самодельным санитайзером. Утром приходит, снимает разовые пластиковые перчатки, в которых он водит теперь свою машину, надевает свежую пару, и начинает протирку с клавиатуры и мыши, потом переходит на свой смартфон, а заканчивает столом. Джо мечтает, чтобы наконец сделали быстрый тест на КОВИД-19, типа не выходя из машины, открываешь рот (или нос), оттуда берут мазок, а потом тебе сообщают твой статус. На мои возражения, что подобные тесты крайне неаккуратны с ошибками, так что минимум 20% тестируемых получают неправильный результат, Джо отвечает, что это неважно, главное - это человек что-то новое про себя узнает и перестанет дергаться хотя бы на полчаса. И глядит на меня с некоторым подозрением: а чего я не дергаюсь? Может уже знаю про себя, что позитивна? Как говорилось в старом русском анекдоте: если во мне и есть что-либо положительное, так только реакция Вассермана (для молодежи - это такой был тест на сифилис).

Сиэтльский биотех разработал массу тестов на КОВИД-19, что в общем несложно, я думаю, что если взять опубликованый геном, то максимум 2-3 часа хватит на то, чтобы сделать праймеры и пробы для ПЦР. Кроме того почти все компании, которые занимаются синтезом праймеров и проб, в порядке помощи разработали кучу возможных вариантов и открыли бесплатный поступ для все пользователей, коммерческих и некоммерческих. В результате, как только СиДиСи разрешил использовать самодельные тесты, Сиэтл заявил, что у нас есть реактивы, достаточные на миллион тестов то ли в неделю, то ли в день. Что конечно от лукавого: пока в городе есть две лаборатории, которые тесты гоняют, и учитывая необходимость выделения нуклеиновых кислот из инфицированного материала в условиях повышенной защиты, реальная пропускная способность на три порядка ниже, тысячи а не миллионы тестов.

Хуже всех вокруг - это мои старые друзья вирусологи. От многия знания - многия печали. Вчера весь день в фейсбуке они обсуждали последнюю статью про возможные мутации генома КОВИД-19. Дело в том, что на поверхности коронавирусы несут ту самую корону, состоящую из торчащих остреньких белковых шипов. Эти шипы взаимодействуют с рецептором ACE2 на поверхности человеческих клеток, и зацепившись, помогают вирусу проникнуть внутрь. Некая светлая голова посчитала на компьютере, что если определенным образом мутировать конечную аминокислоту на шипике, то это резко увеличит силу взаимодействия, а значит и инфекционность вируса. Речь там шла про возможности и вероятности, без малейшей индикации, что такая мутация уже произошла. Скорее наоборот, все последние исследования показывают, что вирус мутирует крайне медленно, и сейчас в Сиэтле гуляет практически копия китайского КОВИД-19. Но нам же надо чего-нибудь сильно бояться. Вот только т-с-с-с, вирусу не говорите про эту мутацию, а то он узнает и нам назло именно эту аминокислоту заменит и тут же всех убьет.

Наша компания официально разрешили работать из дома. В том же мейле они сообщили, что оставляют за собой право нас отмобилизовать, если понадобится. Я вообще-то в исследовательском подразделении, но наш Продакшн гоняет клинические образцы для пациентов. Если там все заболеют, или не смогут придти, то мы должны быть готовы занять их место в строю. Ну я еще с пионерских времен всегда готова.

Из прочих мер по сдерживанию эпидемии - в Сиэтл приезжает вице-президент Майк Пенс. Учитывая, что население города имеет тенденцию ненавидеть нынешнюю администрацию, а та отвечает полной взаимностью, не думаю, что визит будет продуктивен. Вообще непонятно, зачем это надо, федеральные деньги можно дать городу и без личного визита. Скорее наоборот, это означает, что денег не дадут, сами барахтайтесь. Впрочем у Сиэтла денег немало, может станут меньше их разбазаривать. Но это вряд ли. "Не я буду меньше пить, а ты будешь меньше есть".

Кроме биотеха, Сиэтл еще и центр по программированию и софту. И сейчас все они работают из дома, Фейсбук, Амазон, Микрософт, Гугл. И более мелкие, вроде Уклы, где работает мой зять, тоже. Но почему-то утром и вечером на дорогах по-прежнему полно машин. Блин, куда и зачем они все едут? Зять вот сидит в своем офисе на первом этаже их дома, и спокойно дело делает. Он в общем и так на работу ходил раз в неделю. А теперь им там запретили появляться по крайней мере месяц.

Дети по-прежнему весело бегают в школе. Из них могут получиться великолепные векторы для распространения инфекции, т.к. они похоже болеют бессимптомно. Но мы Ланчика не грузим лишними знаниями и печалями, а просто гоняем мыть руки по приходе домой.

Существуют и хорошие последствия. Мой сосед Джо говорит, что теперь мужчины начали как следует мыть руки после туалета. "Ты себе не представляешь, насколько многие мужики грязные свиньи, это уму непостижимо! Теперь все испугались и руки моют!". Джо - гей, и любит обсуждать, какие все мужики козлы. Я его утешаю, что тетки зато дуры.

Хотели пойти на выступление цирка Дю Солей. Боимся пока покупать билеты, велика вероятность, что его отменят. Отменяют все, включая научные конференции. Город замер и ждет. Продолжение следует.

Comments

[lj-frank-bot.livejournal.com]

Hello!
LiveJournal categorization system detected that your entry belongs to the following categories: Коронавирус (https://www.livejournal.com/category/koronavirus?utm_source=frank_comment), Медицина (https://www.livejournal.com/category/medicina?utm_source=frank_comment), Наука (https://www.livejournal.com/category/nauka?utm_source=frank_comment), Общество (https://www.livejournal.com/category/obschestvo?utm_source=frank_comment).
If you think that this choice was wrong please reply this comment. Your feedback will help us improve system.
Frank,
LJ Team

[mary-spiri.livejournal.com]

Ок

[agasfer.livejournal.com]

По моим прикидкам, скорость мутаций у него такая же примерно, как у гриппа. Поскольку у 10 опубликованных китайцами последовательностей гомология была 99.98%, т е 1 мутация на 5,000, а для гиппа дают 10^-4 тире 10^-3, практически один черт.

[mary-spiri.livejournal.com]

Прелесть гриппа скорее не в отдельных мутациях, а в gene shift and drift. С коронавирусом есть еще момент: считают, что низкая скорость накопления мутаций означает высокую инфекционность, типа он не должен долго размножаться, чтобы заразить новых людей. Даже малого количества достаточно для заражения. Поэтому пока совсем немного вирусных поколений понадобилось для эпидемии, не успел вирус измениться. Правда ли это я не знаю, звучит убедительно.

[agasfer.livejournal.com]

Дык, дрифт, это просто последовательное накопление мутаций, когда их количество переходит в качество неузнавания антителами. А шифт, это как раз--если я верно понимаю смысел шифтов--то самое большое изменение, в результате которого вирус летучих мышей смог заражать человека. Так что все то же самое. В моем сравнении слабое место не здесь, а в неизвестности, за сколько поколений вируса возникли эти самые 1 мутация на 5 тыс оснований.

[mary-spiri.livejournal.com]

В Италии все целуются при встрече. Плюс общественный транспорт, которым все пользуются. Это могло поспособствовать. Я по-прежнему пока думаю, что все не так страшно. Основание - вирус похоже тут у нас уже давно гуляет, появился еще возможно до того первого инфицированного больного в Эверетте. Плюс весна наступает. Ну авось!

[komsomolets.livejournal.com]

с учетом того сколько человек коэволюционировал с вирусами я думаю особых сюрпризов не должно быть - те же MERS и SARS ведь тоже коронавирусы? но возможно конечно есть и ньюансы, на детей вот вроде не действует и это по-моему неплохо. руки мыть это полезно, ещё бы все чихать в локоть научились и вообще даже польза будет какая-то от такого новостного отклика.

[mary-spiri.livejournal.com]

Как раз проблема в том, что все эти коронавирусы только недавно перешли к человеку, они с нами не коэволюционировали, а еще только собираются. Поэтому результат такой коэволюции пока неясен. И поэтому же у них довольно высокая летальность. Вирусу вообще невыгодно гробить хозяина, он тоже погибает.

[tyx.livejournal.com]

Плотность населения и развитость транспорта ещё играет роль. Одно дело ситуация "болеет весь город", когда город - это 100тыс. жителей и до соседнего день пути, другое, когда 20млн и два часа.

[rider3099.livejournal.com]

Всё серьезно у вас. Правильно, что программистам велели работать из дома. Мой Серый с понедельника тоже из дому работает. Заказал продукцию Омаха-стейкс, заставил меня купить рис и кускус, а также гречку. В магазин запретил ездить.

[mary-spiri.livejournal.com]

А мы в магазин ездим, там сейчас хорошо, пусто, народу нет, на всю свежую продукцию сейл.

[egovoru.livejournal.com]

"люди надеятся ежели чего делать из нее себе маски"

А говорят, маски не помогут, потому что этот вирус распространяется в основном контактным путем, а не воздушно-капельным?

[mary-spiri.livejournal.com]

Заражаться могут только клетки легочного эпителия. А уж как оно туда попадает, неважно. Проще всего передача от мокроты на поверхности на руку, а с руки в рот. Маска может помогать не трогать руками рот. Что уже хорошо. Но более правильно это мыть руки.

[nenastja.livejournal.com]

А что Вы думаете про гипотезу существования суперраспространителей? Вроде как не все инфицированные одинаково полезны для развития эпидемии. И вроде как не было случая, чтобы в выявленной цепочке передачи вируса был ребёнок.

[mary-spiri.livejournal.com]

Я к сожалению пока про это ничего не читала. Посмотрим, если на глаза попадется, обязательно почитаю. Проблема в том, что вирус, гуляющий по Сиэтлу, почти не мутировал. Учитывая, что это РНКовый вирус с большой частотой ошибок при репликации, получается, что вирусных поколений прошло немного. С другой стороны, вирус глубоко проник в народ, значит болтается довольно давно. Вывод, который я видела, состоит в том, что вирус очень заразен, то есть надо совсем мало, чтобы подцепить.При таком раскладе супер-переносчики как бы не нужны.

[hard-squeeze.livejournal.com]

А вот объясните мне, как биолог небиологу: чего все так психуют??? Такое впечатление, что это эпидемия лёгочной чумы, устойчивой к антибиотикам, а не какой-то вирус, который далеко не дотягивает ни до "испанки", ни до оспы, например, с которой человечество жило тысячи лет и прекрасно выжило. Я искренне не понимаю.

[mary-spiri.livejournal.com]

Ну во-первых у оспы смертность 15%, большинство выживали. Испанка это привычный грипп, им все переболели. А люди боятся непривычного и нового. Во-вторых, смертность около 1% по нынешним временам это много, и даже очень, сейчас совсем не тот психологический порог, что был сто лет назад. Нежные мы стали. И молодость со здоровьем ничего не гарантируют, доктора в Китае поумирали несмторя на. Если бы при полетах на самолете была смертность около процента, то никто никогда не летал бы. Неприемлемый уровень риска. В-третьих, сильная заразность, похоже совсем немного надо, чтобы заболеть. А значит очень трудно уберечься от этой лотереи. Хочешь-не хочешь, надо играть. А уж если возраст постарше, то совсем страшно.

[watchinexile.livejournal.com]

Маша, если он мутирует крайне медленно, откуда налетело 159 штаммов, отсеквенированных на сегоднящний день
http://virological.org/t/first-cases-of-coronavirus-disease-covid-19-in-brazil-south-america-2-genomes-3rd-march-2020/409?

Не видел статью, но ссылались на препринт, где у 92х больных нашли 53 варианта.

[marinta.livejournal.com]

Биологи рассказывали страшную историю. На практике делали развлекательный тест - посев на микробиоту руки. Вроде как студенты прижимали ладошку к питательной смеси в чашке Петри. А потмо учитывали биоразнообразие)))
Так вот у одной девочки высеялась почти одна бактерия - синегнойная палочка. Из-за того, что девочка постоянно протирала руки дезинфицирующими растворами. Знакомая доктор сказала, что вроде это правда. И главная проблема врачей - это постоянная стерилизация себя - так что остается самый устойчивый микроорганизм, как раз эта палочка. И что хирургам приходится принимать курсы антибиотиков, а потом сеять на себя полезные микроорганизмы.
Как? Правда?
И в свете сказанного - не погубит ли излишняя любовь к чистоте полезную микрофлору на коже?

[mary-spiri.livejournal.com]

Ну нам до хирургов еще очень далеко. Эпидемия приходит и уходит, а кожа восстанавливается. Сейчас цель это не есть сохранение кожи. Но конечно всю жизнь руки тереть дрянью не надо.

[victor-chapaev.livejournal.com]

А что слышно про перспективу вакцины?

[mary-spiri.livejournal.com]

В Штатах запустили испытания чуть не восьми разных вакцин. Моя дочь, которая занимается клиническими испытаниями профессионально, говорит, что минимальный срок полтора года. Спешить при смертности в 1% не станут. Слишком многое может пойти не так. Да и для таких вирусов, как Эбола, где смертность гораздо выше, и где вакцину делали в дикой спешке, на это ушло больше года. Теперь все, есть хорошая вакцина на Эболу. Но не стоит рассчитывать, что вакцина на КОВИД будет скоро, даже если все 8 экспериментальных работают. Есть еще время наработки и производства, это тоже быстро не делается.

[moscow-i-ya.livejournal.com]

А у нас пишут, что насморк - это точно не коронавирус, надо бояться кашля И все окончательные анализы делают на всю страну только в Новосибирске, так что порядка недели надо ждать результатов :(

[tyx.livejournal.com]

"И все окончательные анализы делают на всю страну только в Новосибирске"
Сомнительно, московские коллеги из РПН говорили иное.

Что возможности делать анализы ограничены - правда. Дорого и лабораторий мало.

[vadim-mikhaylin.livejournal.com]

"Кашель на метр не достаёт - безопасно"?! Китайцы сейчас отслеживают "цепочки заражений", всеми мыслимыми и не мыслимыми методами. Очередной пациент проживающий в чистой зоне, ни куда не ездил, ни с кем ни общался. Оказалось, на почте пересёкся с идентифицированной носительницей. Хватило 15 секунд нахождения в одном помещении на расстоянии 5 метров, без чихов, без кашля!

[mary-spiri.livejournal.com]

Это передача через руки, а не воздушно-капельно. Вирус на руках, руки трогают поверхность, другой человек берется за ту же поверхность, и вуаля. Достаточно носить перчатки или мыть руки.

[kant-elz.livejournal.com]

"У колодца" слышал, что после выздоровления от этой гадости не возникает иммунитет и болеть можно несколько раз...
Брешут, наверное?

[tyx.livejournal.com]

Неизвестно. Есть случаи повторного заражения, но вроде пока не массовые.

[tyx.livejournal.com]

>Джо - гей, и любит обсуждать, какие все мужики козлы. Я его утешаю, что тетки зато дуры.
Утащил в цитатник, естественно без авторства, мало ли что.

Вообще занятно наблюдать культурные различия. Где народ всё мыть начинает, где в масках ходят (кто-то из френдов писал про Китай - ну да, раньше в масках ходила только треть).
В Москве явно уже пора бояться - пять случаев есть, власти готовятся к масштабным карантинам, Иран в огне, а где Иран, там и Азербайджан и Армения - между ними толпы народа ездят туда-сюда, и ни в одной из этих стран нет ни нормальной медицины, ни традиции соблюдать любые правила. При этом на улицах в масках вообще никто не ходит. Когда идёшь в респираторе - крутят пальцем у виска.

[mary-spiri.livejournal.com]

Я вообще очень дружу с людьми иной ориентации. Очень интеллигентный и милый народ, особенно старшее поколение. Они всерьез настрадались в молодости, когда их канали и гоняли. В Сиэтл многие переехали из-за местной толерантности. И как многие гонимые страдальцы - это хорошие, добрые и сочувствующие люди. Мне, как эмигранту, они близки. Как и я, они не думают, что на свете все прекрасно, а если нет - то либо черно, либо бело. И мы с Джо большие кореша, он похожего возраста.

Маски не очень помогают. Лучше перчатки и мытье рук. И поменьше вылезать на люди, если это возможно.

[saint-dragon.livejournal.com]

Насколько я читала, даже в Ухани магазины далеко не все закрыли. И народ вполне себе выходил и выходит из дома - там вроде ограничения что-то типа не чаще одного раза в два дня, но не то что там всех прям забетонировали. Тем более здесь никого не замуруют дома, это просто невозможно. И что магазины совсем все закроются очень сложно поверить.

Меня бумага в прошлое воскресенье удивила тем, что ее не было, но бумажные полотенца, одноразовые платки и прочие салфетки лежали в ассортименте прям рядом. Загадочна логика человеческая...

[mary-spiri.livejournal.com]

Мне кажется, что туалетная бумага в Штатах имеет тот же сакральный смысл, что соль и спички в России, - надо запасать в случае любого катаклизма. Ритуал и оберег. С другой стороны, мой американский зять не запасает, а мы с Андрюшей со своей стороны не покупаем соль и спички. Так что можно и удержаться от ритуальных действий. Кстати, сейчас как раз самое время покупать свежие предметы роскоши, вроде крабов, лобстеров и прочих мраморных стейков. На них сейлы, ибо богатые плачут, но в магазин не идут, боятся. А бедные скупают в основном консервы и туалетную бумагу. А мы питаемся гребешками и крабовым мясом с раковыми шейками и копченым лососем. Пир во время чумы. Есть упоение в бою, и бездны страшной на краю. Вот только яйца закончились, еще один продукт, скупаемый в запас. И почему-то обычная пшеничная мука, хотя обычно народ мало чего печет. Видимо собрались болтанкой питаться.

[once-for-all.livejournal.com]

Мое дитя смотрит на вирус с верой и надеждой - авось, школу закроют.

[mary-spiri.livejournal.com]

Да, кое-где уже позакрывали. Но не у нашей внучки. Она ходит, бедная.

[yasuaki (from livejournal.com)]

Мария, здравствуйте!
Спасибо вам большое за спокойное и грамотное изложение многих аспектов по ситуации с вирусом.
Хотелось бы услышать ваше мнение о "конспирологической" теории (довольно часто слышимой наравне с остальными), согласно которой КОВИД - искусственно разработанное биологическое оружие, направленное против жителей Китая, Кореи и других восточных стран, и сам по себе данный вирус относительно безопасен для жителей Европы и Америки, население которых не несут в себе "часть сходного генома".
Поверить в это сложно. Не могли бы вы подсказать, может ли данная теория считаться состоятельной и почему? Было бы очень ценно услышать ваше мнение, как специалиста.
Спасибо!

[mary-spiri.livejournal.com]

До сих пор ни разу не встречалась коспирологическая теория, в которой мне бы удалось уловить хоть какое-нибудь рациональное зерно. Обычно это туфта от первого до последнего слова. Первое, нынешний коронавирус перешел из летучих мышей, человеческая версия очень похожа, и не несет никаких искусственных вставок. Второе, этническое био-оружие сделать никому и никогда не удастся, потому что все люди похожи. Мы все один вид, свободно скрещиваемся и перемешиваемся. А что имеется в видк под частью сходного генома, я не понимаю. Вирусный геном? Остатки вирусов в нашем геноме? Так коронавирусы в наш геном не встраиваются, это не ретровирусы. Насчет безопасности для жителей Европы - посмотрите на Италию.

[yasuaki (from livejournal.com)]

Большое спасибо за ответ.
К сожалению, конкретно сказать, что имеется в виду, не могу, кроме того, что подразумевается принадлежность к тому или иному этносу.