Приобретенный Иммунитет
Jun. 12th, 2019 08:44 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
mary_spiriТак называется моя новая работа, на которой я с 1-го апреля, совсем вроде еще немного. Делать выводы конечно рановато. Да и устаю я пока сильно. По началу надо сильно пахать, чтобы показать свой товар лицом. А ездить неблизко. Расположена наша контора в центре Сиэтла, в знаменитом районе Южного берега Озера Юнион, где столпился весь биотех. Огромный комплекс Фред Хатча - крупнейшего академического института по исследованию рака. Здания, снимаемые Университетом штата Вашингтон, и рядом бесконечные стартапы, сплошь биологические, компьютерные в другом месте ближе к центру Сиэтла. А прямо напротив на воде озера доки с океанскими кораблями с именами вроде "Глубоководная Пацифика", "Ледниковый Залив", "Свежий Ветер". Корабли часто сменяются, иногда приходят громадины под 150 м в длину. За доками база гидросамолетов. Подальше к востоку идут знаменитые плавучие дома Сиэтла, на платформах в заливчике, почти около каждого по яхточке. На суше на каждом углу новая стройка. Днем дикие пробки и отсутствие парковки. Бесплатная парковка заполняется к 6:30 утра, а позже надо долго рыскать по окрестным улицам и искать, где бы приткнуть машину, либо платить около 30 долларов за день. Я решаю проблемы тем, что встаю около 5 утра, а в 6 уже на работе. Это все дивно, вот только не привыкла я спать ложиться в 9 вечера, а надо.
При всем при том давеча я себя поймала на мысли, что впервые за последние не знаю сколько лет я на работу иду с интересом и даже некоторой радостью. В общем я свою работу люблю тихою любовью, восторги мне не свойственны. Чаще всего в последние лет 10 работа мной воспринималась как наименее противный род деятельности, который еще и деньги приносит. А тут я с недоумением себя ловлю на искреннем восторге. А потом понимаю, в чем причина: впервые опять-таки за не знаю, сколько лет, тут все организовано продуманно, эффективно, и по последнему слову техники.
С одной стороны - базовая идея проста, как грабли. Приобретенный иммунитет (в честь которого наша контора названа) определяется диким разнообразием клеток иммунной системы, в основном лимфоцитов, которое формируется у человека в течение жизни. Каждый из лимфоцитов синтезирует всего один вариант главного рецептора (который натурально так и называется: рецептор Т или Б лимфоцита, кстати хорошо известные антитела - это рецепторы Б клеток, которые могут секретироваться в кровь). Разнообразие рецепторов зашкаливает, по подсчетам количество уникальных может доходить до 100 и более миллионов на человека. Для сравнения, весь человеческий геном кодирует всего около 30 тысяч разных генов.
Дикое разнообразие рецепторов тоже определяется генами, вернее, кусками специальных генов, которые в каждой новой клетке-лимфоците вырезаются и перетасовываются почти случайным образом. Похоже на головоломку, которую сначала разрезают на куски трех типов, а потом вслепую собирают, беря по куску каждого типа. Естественно, эти куски соединяются в нечто осмысленное весьма редко. Критерием осмысленности в случае иммунитета является польза: если получившийся рецептор случайно оказался способен связываться с неким антигеном, например, с чужеродным белком вируса, то соответствующая клетка выживает, а если нет, то погибает. Лотерея с наградой в жизнь, иногда весьма долгую. Ибо лимфоциты с сильно полезными рецепторами начинают буйно размножаться. А когда нужда в них проходит, например, вирус убит и закопан (вернее разъеден), то на всякий случай некоторые лимфоциты сохраняются на будущее, как клетки иммунной памяти. На чем собственно основано действие вакцин, и то, почему переболев корью, больше ей не заражаешься.
Фактически наша иммунная система содержит в себе память обо всех наших прививках и болезнях, включая не только инфекции, но и аутоиммунные заболевания (типа диабета, астмы и т.п), а также онкологию. Заодно микробы, которые населяют наш кишечник, рот, кожу и прочие полости тела, тоже активно взаимодействуют с иммунными клетками и оставляют нам иммунную память. И что характерно, память эту можно попытаться прочесть и расшифровать. Ибо каждый рецептор - есть продукт уникальной перетасовки ДНК. И соответствующий перетасованый уникальный ген сидит в своем лимфоците и его потомстве. А ДНК можно выделить и прочесть. Правда сама по себе последовательность ДНК гена не позволяет сразу понять функцию соответствующего рецептора, с каким конкретно антигеном он будет связываться. Словарь для перевода одной информации в другую пока не готов. И никакой великий математик пока не может произвести моделирование и найти ответ - система слишком сложна. 100 миллионов разных рецепторов, невесть сколько миллионов разных белков-антигенов.
Однако можно научиться простым подходам к сложным проблемам у природы (матери нашей). Все это дикое разнообразие рецепторов создается слепым перебором комбинаторных вариантов и отбраковкой всего ненужного. Технологическая платформа нашей конторы тоже на этом основана. Сначала надо слепо перебрать побольше вариантов: прочесть как можно больше разных рецепторов. И вот наша база данных уже подбирается к 20 миллиардам уникальных последовательностей ДНК из нескольких сотен тысяч пациентов. А потом надо выбрать нужное: всех пациентов, которые переболели одной и той же болезнью, и найти у них общие рецепторы. И повторить со следующей болезнью. И в конце концов можно будет сделать тот самый словарь, чтобы по последовательностям ДНК рецепторов расшифровать историю человека и его диагнозы. Так что на данном этапе подобный процесс создания словаря, хоть и крайне медленный и очень затратный по деньгам, уже технически возможен. Отцы-основатели нашей компании вовремя осознали эту возможность (10 лет назад), и теперь поимели деньги на осуществление этой цели. А недавно наша контора вступила в альянс с Микрософтом, которые предоставляют нам компьютерные мощности. К сожалению, я даже представить себе не могу, сколько и чего нам нужно на компьютерном фронте.
Кроме диагностики, наше изучение рецепторов лимфоцитов нужно для иммунологического лечения рака. Чтобы натравливать иммунную систему пациента на опухоль. Один вариант - это найти общие рецепторы против определенного типа онкологий, из который можно сделать препараты химиотерапии. Это очень нынче важная область. Другой вариант - персонализация, найти у пациента его собственные уникальные рецепторы для борьбы с опухолью, и резко увеличить количество соответствующих лимфоцитов. Более сложный путь, но очень перспективный.
А наша задача, как Р&Д, т.е. исследователей, это разрабатывать и оптимизировать экспериментальные стратегии для чтения ДНК рецепторов. И должна сказать, что тут тоже меня искренне восхищают наработки и базовые технологии нашей конторы. Очень все просто, четко и грамотно, приятно посмотреть. А какие контроли - прелесть, полный набор для характеризации каждого шага, что очень помогает грамотно анализировать данные. Опять-таки, нет великого полета мысли, но в этой системе он не особо и нужен.
И в общем я понимаю, что ничего особенного в моей нынешней конторе нет. Но я за последние годы столько раз сталкивалась с бардаком, тупостью, идиотизмом, и диким карьеризмом в ущерб делу, что нормальная организация дела на этом фоне смотрится неправдоподобным достижением. И мне по кайфу, что хождение на работу теперь доставляет удовольствие. А чего дальше будет - посмотрим. А напоследок вот гавайская птичка на развесистом кусте бугенвиллеи. Просто для передачи хорошего настроения.
При всем при том давеча я себя поймала на мысли, что впервые за последние не знаю сколько лет я на работу иду с интересом и даже некоторой радостью. В общем я свою работу люблю тихою любовью, восторги мне не свойственны. Чаще всего в последние лет 10 работа мной воспринималась как наименее противный род деятельности, который еще и деньги приносит. А тут я с недоумением себя ловлю на искреннем восторге. А потом понимаю, в чем причина: впервые опять-таки за не знаю, сколько лет, тут все организовано продуманно, эффективно, и по последнему слову техники.
С одной стороны - базовая идея проста, как грабли. Приобретенный иммунитет (в честь которого наша контора названа) определяется диким разнообразием клеток иммунной системы, в основном лимфоцитов, которое формируется у человека в течение жизни. Каждый из лимфоцитов синтезирует всего один вариант главного рецептора (который натурально так и называется: рецептор Т или Б лимфоцита, кстати хорошо известные антитела - это рецепторы Б клеток, которые могут секретироваться в кровь). Разнообразие рецепторов зашкаливает, по подсчетам количество уникальных может доходить до 100 и более миллионов на человека. Для сравнения, весь человеческий геном кодирует всего около 30 тысяч разных генов.
Дикое разнообразие рецепторов тоже определяется генами, вернее, кусками специальных генов, которые в каждой новой клетке-лимфоците вырезаются и перетасовываются почти случайным образом. Похоже на головоломку, которую сначала разрезают на куски трех типов, а потом вслепую собирают, беря по куску каждого типа. Естественно, эти куски соединяются в нечто осмысленное весьма редко. Критерием осмысленности в случае иммунитета является польза: если получившийся рецептор случайно оказался способен связываться с неким антигеном, например, с чужеродным белком вируса, то соответствующая клетка выживает, а если нет, то погибает. Лотерея с наградой в жизнь, иногда весьма долгую. Ибо лимфоциты с сильно полезными рецепторами начинают буйно размножаться. А когда нужда в них проходит, например, вирус убит и закопан (вернее разъеден), то на всякий случай некоторые лимфоциты сохраняются на будущее, как клетки иммунной памяти. На чем собственно основано действие вакцин, и то, почему переболев корью, больше ей не заражаешься.
Фактически наша иммунная система содержит в себе память обо всех наших прививках и болезнях, включая не только инфекции, но и аутоиммунные заболевания (типа диабета, астмы и т.п), а также онкологию. Заодно микробы, которые населяют наш кишечник, рот, кожу и прочие полости тела, тоже активно взаимодействуют с иммунными клетками и оставляют нам иммунную память. И что характерно, память эту можно попытаться прочесть и расшифровать. Ибо каждый рецептор - есть продукт уникальной перетасовки ДНК. И соответствующий перетасованый уникальный ген сидит в своем лимфоците и его потомстве. А ДНК можно выделить и прочесть. Правда сама по себе последовательность ДНК гена не позволяет сразу понять функцию соответствующего рецептора, с каким конкретно антигеном он будет связываться. Словарь для перевода одной информации в другую пока не готов. И никакой великий математик пока не может произвести моделирование и найти ответ - система слишком сложна. 100 миллионов разных рецепторов, невесть сколько миллионов разных белков-антигенов.
Однако можно научиться простым подходам к сложным проблемам у природы (матери нашей). Все это дикое разнообразие рецепторов создается слепым перебором комбинаторных вариантов и отбраковкой всего ненужного. Технологическая платформа нашей конторы тоже на этом основана. Сначала надо слепо перебрать побольше вариантов: прочесть как можно больше разных рецепторов. И вот наша база данных уже подбирается к 20 миллиардам уникальных последовательностей ДНК из нескольких сотен тысяч пациентов. А потом надо выбрать нужное: всех пациентов, которые переболели одной и той же болезнью, и найти у них общие рецепторы. И повторить со следующей болезнью. И в конце концов можно будет сделать тот самый словарь, чтобы по последовательностям ДНК рецепторов расшифровать историю человека и его диагнозы. Так что на данном этапе подобный процесс создания словаря, хоть и крайне медленный и очень затратный по деньгам, уже технически возможен. Отцы-основатели нашей компании вовремя осознали эту возможность (10 лет назад), и теперь поимели деньги на осуществление этой цели. А недавно наша контора вступила в альянс с Микрософтом, которые предоставляют нам компьютерные мощности. К сожалению, я даже представить себе не могу, сколько и чего нам нужно на компьютерном фронте.
Кроме диагностики, наше изучение рецепторов лимфоцитов нужно для иммунологического лечения рака. Чтобы натравливать иммунную систему пациента на опухоль. Один вариант - это найти общие рецепторы против определенного типа онкологий, из который можно сделать препараты химиотерапии. Это очень нынче важная область. Другой вариант - персонализация, найти у пациента его собственные уникальные рецепторы для борьбы с опухолью, и резко увеличить количество соответствующих лимфоцитов. Более сложный путь, но очень перспективный.
А наша задача, как Р&Д, т.е. исследователей, это разрабатывать и оптимизировать экспериментальные стратегии для чтения ДНК рецепторов. И должна сказать, что тут тоже меня искренне восхищают наработки и базовые технологии нашей конторы. Очень все просто, четко и грамотно, приятно посмотреть. А какие контроли - прелесть, полный набор для характеризации каждого шага, что очень помогает грамотно анализировать данные. Опять-таки, нет великого полета мысли, но в этой системе он не особо и нужен.
И в общем я понимаю, что ничего особенного в моей нынешней конторе нет. Но я за последние годы столько раз сталкивалась с бардаком, тупостью, идиотизмом, и диким карьеризмом в ущерб делу, что нормальная организация дела на этом фоне смотрится неправдоподобным достижением. И мне по кайфу, что хождение на работу теперь доставляет удовольствие. А чего дальше будет - посмотрим. А напоследок вот гавайская птичка на развесистом кусте бугенвиллеи. Просто для передачи хорошего настроения.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2019-06-13 03:46 am (UTC)LiveJournal categorization system detected that your entry belongs to the following categories: Медицина (https://www.livejournal.com/category/medicina), Наука (https://www.livejournal.com/category/nauka).
If you think that this choice was wrong please reply this comment. Your feedback will help us improve system.
Frank,
LJ Team
no subject
Date: 2019-06-13 03:50 am (UTC)no subject
Date: 2019-06-13 03:51 am (UTC)no subject
Date: 2019-06-13 03:51 am (UTC)no subject
Date: 2019-06-13 04:22 am (UTC)Спасибо большое! Буду теперь работать.
no subject
Date: 2019-06-13 06:11 am (UTC)no subject
Date: 2019-06-13 01:54 pm (UTC)Спасибо! Мне хотелось попробовать изложить это по-русски. Буду потом еще писать.
no subject
Date: 2019-06-13 12:35 pm (UTC)no subject
Date: 2019-06-13 01:55 pm (UTC)Напишите, пожалуйста, что конкретно интересно, так легче посты писать. А то у меня следующий будет не про иммунитет, а про тюльпаны.
no subject
Date: 2019-06-13 02:09 pm (UTC)no subject
Date: 2019-06-14 03:30 pm (UTC)https://shvarz.livejournal.com/203849.html
no subject
Date: 2019-06-14 04:07 pm (UTC)no subject
Date: 2019-06-13 06:55 pm (UTC)Не поймите меня превратно, но бороться с телевизором я не могу, такая борьба требует много времени и неограниченное терпение. Большинство методов "под'ема иммунитета" довольно безвредны. Пользы от них тоже никакой. До тех пор, пока эти методы дополняют нормальную медицину, а не заменяют ее, можно не париться. Иммунитет формируется всю жизнь, и все эти фуфломицины в применяемых дозах влияют как слону дробина. Среди нормальных лекарств, которые влияют на иммунитет, большинство химические подавители разных реакций иммунного ответа. Они применяются при аутоиммунных заболеваниях типа люпуса, чтобы организм перестал сам себя поедать. Люди с пониженным иммунитетом часто спокойно себе живут. А вот с повышенным жить страшновато. Достаточно сказать, что диабет 1 типа есть повышенное внимание иммунной системы к поджелудочной железе, в результате которого поедаются клетки, синтезирующие инсулин. Так что тот факт, что фуфломицины не работают, подтверждается их безвредностью, иначе бы их давно запретили. Некоторые из них содержат активные компоненты типа интерферона. Интерферон еще как работает, но только в лошадиных дозах, в фуфломицинах его порядка на три меньше. Кстати, когда интерферон работает, то в качестве побочки он вызывает клиническую депрессию и повышение уровня суицидов в 30 раз. К счастью, сейчас появились другие, таргетные противовирусные препараты без таких побочек. Но они вовсе не поднимают иммунитет, а просто убивают вирус. При иммунологическом лечении онкологии тоже не надо повышать весь иммунитет. Надо селективно ввести антитела против опухоли пациента, и сам организм это не может, как не стимулируй.
А насчет еды я особо не парюсь. Она тут нормальная.
no subject
Date: 2019-06-13 07:56 pm (UTC)no subject
Date: 2019-06-14 02:19 am (UTC)Я недавно имела дело как раз с ними в виде результатов клинического испытания, меньше 30% случаев эффективности. Там все сложно, они стимулируют иммунный ответ примерно как вакцины - избирательно. Была гипотеза, что чем разнообразнее набор рецепторов, то тем больше вероятность эффективного лечения, типа ну хоть какие-то варианты лимфоцитов окажутся простимулированы. Гипотеза пока не подтвердилась. При любом раскладе это все химиотерапия, а не БАДы или иммуномодуляторы с магазинной полки.
no subject
Date: 2019-06-14 10:27 am (UTC)no subject
Date: 2019-06-14 01:31 pm (UTC)Да, если работает, то это смотрится как чудо, раз, и все прошло. Поэтому все и кинулись в иммуноонкологию, что хорошо. Теперь бы разобраться, чем отличаются пациенты, на которых работает, от тех, на кого не работает.
no subject
Date: 2019-06-14 09:12 am (UTC)no subject
Date: 2019-06-14 01:37 pm (UTC)С удовольствием!
no subject
Date: 2019-06-14 10:33 am (UTC)no subject
Date: 2019-06-14 01:37 pm (UTC)Очень хорошо поднимают иммунитет постоянные болезни. Когда внучка впервые пошла в садик, мы все болели раз в две недели. А теперь зато мы круты и не болеем, на все про все есть антитела.
К голодовкам у меня сложное отношение. Я не могу работать, если голодна. А надо. В целом же, я не очень понимаю, зачем вообще иммунитет поднимать. Его неплохо бы иногда поправлять, иногда натравливать, а в целом поднимать - зачем?
no subject
Date: 2019-06-14 01:43 pm (UTC)no subject
Date: 2019-06-14 02:28 pm (UTC)Японцы лет 20 назад активно продвигали идею, что отсутствие глистов вызывает аллергии, типа иммунитету нечем заняться. У них аллергия на пыльцу нарастала по экспоненте. И они пытались лечиться реинтродукцией глистов в организм. И даже вроде якобы помогало. С моей кочки зрения, это одна из гипотез, не более того, если бы все было так просто, то все бы с лекарств перешли на глистов.
no subject
Date: 2019-06-14 02:39 pm (UTC)Про описторхов, например, есть публикации, какие они полезные для здоровья.
А японцы кого использовали? Остриц?
no subject
Date: 2019-06-14 03:45 pm (UTC)no subject
Date: 2019-06-15 01:43 am (UTC)no subject
Date: 2021-03-20 11:52 pm (UTC)А что он лечил?
no subject
Date: 2021-03-21 01:14 am (UTC)Он лечил страшную аллергию на пыльцу, которая его одолевала каждую весну. Когда жить невозможно, потому что из носа, глаз и рта течет, сих, кашель, и плохо. Называется в Японии это "кафуншьо" и встречается часто.
no subject
Date: 2019-06-15 05:43 pm (UTC)Вот у примеру популярное изложение
https://botalex.livejournal.com/148843.html
no subject
Date: 2019-06-16 03:22 am (UTC)По моим представлениям, среди доказуемых научных утверждений (не аксиом), теория это наиболее высокий доказательный уровень. Когда сумма имеющихся данных вполне подтверждает высказанное положение. Так что назвать теорией утверждение о том, что аллергии вызваны недогруженностью иммунитета, это как раз позитивно и подтверждает согласие с аргументами из приведенной статьи.
no subject
Date: 2019-06-15 05:38 pm (UTC)Smashing the walls of secrecy in science
https://www.cbc.ca/news/health/biomedical-research-open-notebook-science-patent-drugs-pharmaceutical-academic-research-1.5176792
Радикальный подход :)
no subject
Date: 2019-06-16 03:39 am (UTC)Это совсем не новая идея. У нее масса сторонников, но она не пошла в ширнармассы. Просто потому, что нынешняя наука построена на самопродвижении и самообогащении, и никому не хочется быть честным дурачком, который таскает каштаны из огня для хитрых и подлых. Вообще хорошо было бы работать не ради денег, а от любви к науке и людям. И свободное творчество это тоже хорошо. И все эти трюизмы не имеют никакого отношения к реальной жизни.
no subject
Date: 2019-11-02 09:46 am (UTC)no subject
Date: 2019-11-02 02:35 pm (UTC)Вирус ВИЧ есть, есть даже его фото под электронным микроскопом и взвешивание на электронных весах. И он вызывает СПИД, если его не убивать противовирусными препаратами. К сожалению, в силу умения вируса встраиваться в клетки хозяина, ВИЧ пока полностью убрать не удается. Но можно с ним спокойно прожить долгую жизнь, будучи здоровым и не заражая половых партнеров, до тех пор пока пьются лекарства. Никаких сомнений на счет этих положений у меня нет. Заодно добавлю что вирус древний. ЦРУ его не создавало
равно как западные ученые. Практически идентичный ВИЧ вирус уже вовсю заражал человекообразных обезьян около 10 тыс лет назад. От них к людям и перешел.
А занималась я гепатитом Ц, у меня про него есть пост по тегу "Записки бродячего ученого".
no subject
Date: 2019-11-02 10:35 pm (UTC)no subject
Date: 2019-11-02 10:56 pm (UTC)no subject
Date: 2019-11-02 11:58 pm (UTC)no subject
Date: 2019-11-03 01:42 am (UTC)